上海卡贝信息技术有限公司

 

 

概述

Geneious是一套功能强大的分子生物学和NGS分析工具软件包,业界领先的跨平台的生物信息学软件,支持Windows,Linux和Mac平台。

Geneious结合了所有主要的生物信息学分析工具。

  • 序列比对和序列观看
  • Motif搜索和开放读码框(ORF)
  • 进化树建设UPGMA,NJ bootstrapping和consensus trees
  • Contig assembly和色谱编辑
  • 限制性内切酶分析
  • PCR引物设计
  • 蛋白质结构的观看
  • 整合数据库-集成检索与GenBank,PubMed,BLAST和UniProt
  • 通过互联网协作和共享数据
  • 生物信息教学-创建教程与直接联系的材料
  • 公共API开发,由社区开发的生物信息学的免费插件
  • 各种标准的生物信息学等应用工具ClustalW,MrBayes,EMBOSS,PAUP和Mauve

优势

  • 使用直观、用户友好的界面进行无痛分析
  • 只需导入和转换大量数据类型
  • 跨平台:Mac、Windows、Linux
  • 适合您的用户和预算周期的许可选项
  • 对技术问题、设置和培训的全面支持
  • 使用您自己的算法、插件或工作流程进行自定义
  • 提高流程效率并改善数据组织
  • 具有良好的 API 以链接 LIMS 和其他工具的高互操作性

分析和注释

自动注释新的基因组。 使用强大的 SNP 检测工具在筛选测序错误的同时查找变异。

Geneious 于 2005 年首次发布,是世界领先的生物信息学软件平台,被 100 多个国家的 3,000 多所大学、研究所和公司使用。 Geneious 被全球所有排名前 20 的大学(泰晤士高等教育,2016 年)和 20 家最大的制药公司中的 16 家使用。

NGS 分析和基因组学

使用包括 TopHat 和 Velvet 在内的行业领先算法,对 Illumina、PacBio 或 Ion Torrent 读数(任意长度、配对末端、条形码)进行从头组装或参考映射。

数据综合分析,包括基因组浏览器、重叠群可视化、SNP 调用和 RNA-Seq 表达分析。

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序列和色谱分析

修剪、组装和查看 Sanger 测序跟踪文件,纠正碱基检出并创建一致序列。 基因预测、基序、翻译和变异调用的自动注释。

使用自动梯形图拟合和峰值调用进行基因型微卫星跟踪,并生成等位基因表。

对齐和树构建

使用可信算法(包括 MAFFT 和 ClustalW)执行 DNA 或蛋白质的成对和多重比对。 通过实时翻译和突出显示查看和编辑路线。

使用同行评审的算法(包括 RAxML 和 PAUP*)构建系统发育树,并调整可发布图形的显示设置。

分子克隆

查看质粒图谱、自动注释载体和带有注释的复制粘贴序列。 查找限制性位点、消化、连接和执行 Golden Gate、Gibson 和 Gateway 克隆。

设计引物、查找 CRISPR 位点并优化密码子。 在整个克隆过程中跟踪历史和父代后代谱系。

搜索、共享和自动化

针对 NCBI 批量 BLAST 并直接搜索 GenBank。 通过无缝集成的共享存储库集中和协作处理数据。 导入和导出大多数行业标准文件格式。

设置自动化工作流程以提高效率、控制业务流程并减少研究中的人为错误。

 

 

AquiferTest 2016.1-抽水试验和段塞试验数据分析软件包-上海卡贝信息技术有限公司

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