SnapGene 8.0版最新更新
当前版本：8.0.2 | 更多内容请点击访问版本发行说明
SnapGene 8.0 为主要数据查看器带来了全新的外观和感觉，具有批量注释和数据作的新功能，以及编辑参考序列比对的新方法。
使用特征和引物批量注释您的质粒
快速检测常见特征并将引物从列表中添加到在 Project 文件夹面板中选择的多个序列中，更改甲基化和拓扑等序列属性，并轻松对所选序列进行比对和凝胶模拟。
现代、简化的 Map、Sequence （序列）、Features （特征） 和 Primers （引物） 视图
刷新的 Map、Sequence、Features 和 Primers 视图进行了重组和简化，以突出显示关键数据和功能，并在 Features 和 Primers 表中添加了灵活的筛选和排序。
编辑与参考 DNA 序列的比对
现在，在使用“对齐到参考 DNA 序列”时，您可以通过编辑 Sanger 示踪和虚拟构建体中的间隙位置来自信地验证您的序列。
文件和文件夹交互的增强功能
通过文件夹面板中改进的文件选择以及对未保存文件的新的可视化和操作，简化了数据管理。
详细更改
- 增强了在项目中批注和转换多个文件的功能
- 在多个 DNA 文件中导入特征或检测常见特征
- 将引物从列表或 SnapGene、VNTI 或 Clone Manager 文件导入到多个序列中
- 循环化、线性化或翻转多个核苷酸文件
- 更改多个序列的文件属性，包括甲基化、拓扑和链
- 选择要在多个 DNA 文件中显示的酶
- 编辑多个序列的 DNA 或 RNA 末端
- 为多个序列制备 DNA、RNA 或蛋白质
- 修剪多个文件中的历史记录
- 项目中增强的文件管理功能
- 添加了选择文件夹的功能，并添加了部分文件夹选择的指示
- 快速清除整个选择或按类型取消选择文件
- 通过 Opt/Alt 单击给定文件类型的文件计数右侧的 X 来取消选择其他类型的文件
- 现在，在关闭项目窗口中的最后一个选项卡时，文件/文件夹选择会被清除
- 添加了帮助链接
- 改进了未保存更改的可视化和作
- 在文件夹面板和选项卡中的文件旁边显示一个黄点
- 项目文件夹树的顶部会显示一条警报
- 在项目中添加了 Save All （全部保存）、Discard All （全部放弃） 或 Select Unsaved Files （选择未保存的文件） 选项
- 现代化的 Map 和 Sequence 视图
- 将选项卡移动到顶部，将选择栏移动到底部
- 将序列视图小地图移动到视图底部
- 将所选的酶组指示剂移至选择栏
- 将左下角的“缩放”按钮（仍可通过“视图”菜单访问）替换为“查找”按钮，以切换搜索控件，并添加了对查看 ssRNA 或 ssDNA 结构时进行搜索的支持
- 将底部的“Description Panel”复选框替换为顶部的“Info”按钮
- 将左上角的“Language”按钮替换为“Settings”按钮
- 通过将不太常用的作移动到侧边菜单和/或右上角的新 Display （显示） 按钮，简化了侧边工具栏。现在，无论视图选项设置如何，都会显示一致的可预测图标
- 更新了历史记录视图右上角的控件的外观，以及不存在历史记录时显示的消息
- 在右上角添加了一个绿色复选标记图标，以指示序列是否为“实验确认”
- 更新、添加和现代化了许多工具提示，现在显示不会有延迟
- 现代化和现在可关闭的警报已从顶部移至右下角
- 对于无法显示的内容（如酶、特征或引物），警报现在包括一个指向综合列表的链接，以及有关用户可以执行哪些作来查看更多所需内容的信息
- 现代化功能和 Primer 视图
- 现代外观
- 允许扩展和折叠单个特征和引物
- 将 find 字段移动到顶部，现在会过滤表格
- 查找匹配项现在在表中突出显示
- 添加了反向对列进行排序的功能
- 添加了使用颜色选取器快速更改批注颜色的功能
- 添加了用于指示和修改选择的复选框
- 添加了替代起始密码子的工具提示
- 添加了在查看与参考序列的对齐时跨间隙移动碱基的支持。使用箭头键将基数跨间隙移动单个基数或完全移动（按住 Alt 或 Opt 键）
- 更新了限制性内切酶数据库，包括
- 从 EURx 添加 HpySP4III
- 添加了来自 New England Biolabs 的 PsiI-v2、TaqI-v2、AleI-v2、BsrFI-v2 和 WarmStart® Nt.BstNBI
- 添加了来自 NYZTech 的 Speedy 酶
- 从 TaKaRa 添加 RspRSII
- 添加来自 Vivantis 的 Fast Digest 酶
- 从 EURx 和 CHIMERx 添加 CviJI
- 从 Promega 添加 EclHKI
- 添加了来自 Roche 的 BmyI 和 SauI
- 添加了 SibEnzyme 的 KroNI 和 SspMI
- 修复了 Nb.Mva1269I 的名称
- 添加了 Enzynomics、USBiological Life Sciences 和 Yeasen 供应商信息
- 新的缓冲液和更新的酶活性、推荐的缓冲液和缓冲液颜色
- 已停用的标记酶
- 更新的供应商网站链接
- 改进了 Enzymes Database 对话框
- 改进了默认大小
- 已停产的酶现在以灰色斜体显示
- 将增强型酶移至顶部
- 删除了供应商视图顶部的酶列表
- 支持从选定的比对一致性序列创建“从选择中创建新文件”
- 在 Projects kebab 菜单中添加了 Open Recent Project 和 Create Project 动作
- 将荧光蛋白 CDS mEos3.1 添加到 Common Features Database
- 通过删除引物选项卡、侧面工具栏中的引物按钮和杂交选项链接，简化了不存在引物的 Design Synthetic Construct 对话框
- 使用单个确认对话框轻松关闭多个窗口或选项卡，以保存或放弃未保存的更改
- 允许在 html 格式的窗口中选择和复制文本，同步为 Tm 计算方法或对齐算法的摘要
- 将选项卡拖动到降低的窗口上将在延迟后将其升高，以便选项卡可以拖放到该窗口上
- 减少了 Sequence （序列） 视图中的左边距，并将平移方向指示器移得更靠近序列
- 简化了右键单击对齐序列内容时提供的选项
- 祖先序列中特征和引物的简化上下文菜单
- 在 Get Started 窗格中添加了 What's New 部分
Bug 修复
- 修复了在 Windows 上打开或处理具有大量历史记录的文件时的稳定性问题
- 更正了从 GenBank 和 Geneious 导入的循环序列中一些反向链特征的特征段顺序
- 修复了在 Windows 上将 100 kb+ 序列与参考序列对齐时可能发生的崩溃
- 修复了导出时超过 ~25,400 个碱基的共有序列被截断的错误
- 现在，在导出没有间隙的多序列比对的一致性时，会提供导出文件格式选项。
- 不允许使用 SnapGene 格式导出包含间隙的多个序列比对的共有
- 修复了在对某些对齐方式使用“New File from Selection”时可能发生的挂起
- 改进了打开大型文件时的稳定性
- 准确报告 Parasail 版本
- 改进了低分辨率显示器上的“新建文件”窗格
- 改进了在调整拆分视图大小时更新鼠标指针的功能
- 确保在拆分视图时显示侧面工具栏中的 Align to Reference 按钮
- 修复了在 Edit DNA Ends 对话框中拖出选区的错误
- 改进了在使用 Flexera 许可证时退出时的稳定性
- 修复了在文件和文件夹面板中通过单击并拖动来移动文件夹中的单个文件时也会移动其所在文件夹的问题
- 修复了导出序列时，如果允许指定文件扩展名但不保留文件格式的默认扩展名，则不会保留该扩展名的问题
- 确保在合并所有窗口后将项目窗口提升到顶部
- 改进了使用多个屏幕时窗口和其他控件的位置
- 确保将拖出窗口的选项卡放置在放置它们的屏幕上
- 修复了选择包含单个文件的文件夹导致文件在选项卡中打开的问题
- 修复了在搜索项目时阻止在未加引号的查询中包含 （'s 和 ）'s 的错误
- 修复了在搜索 Project 搜索时在带引号的查询中包含制表符和其他空格字符（常规空格字符除外）的问题
- 修复了在从打开的序列中复制和粘贴区域或要素时，New File （新建文件） 窗格未使用上下文信息自动填充名称的回归问题
- 确保在从打开的序列复制和粘贴时，自动选中 New File（新建文件）窗格中的 “Transfer Features”（传输功能）复选框
- 修复了单击“显示详细信息”时，“取消全部保存”显示从未保存的序列的无意义文件名的问题
- 更新了“关于”对话框中指向 QNtp 的链接
- 修复了导出到 GenBank 时在 LOCUS 行上编码分子类型的各种问题
- 导出到 GenBank 时，如果序列名称少于 16 个字符，请在 LOCUS 行中插入该序列名称的剩余空格
- 修复了 Windows 上某些下拉菜单的渲染问题
- 修复了在 Change Methylation 对话框中指定的转化菌株未反映在 Description 面板中的问题
- 修复了在“历史记录视图”中取消突出显示限制站点的上下文菜单作导致删除突出显示所有限制站点的问题
- 在蛋白质比对中制作/编辑蛋白质特征时提高了稳定性
- 删除突出显示和清除突出显示上下文菜单作，因为这些命令不起作用，并且对于对齐序列没有意义，因为剪切位点的位置与参考序列不同
- 修复了使用上下文菜单隐藏或删除比对序列中的酶不起作用，或者在参考序列中隐藏或删除酶不会导致比对序列更新（反之亦然）的各种问题
- 删除了用于复制对齐序列的特征转换的上下文菜单作，因为它不起作用，这样做会有问题，因为整个特征及其转换可能会因修剪而不可见
- 提高了单链序列循环化时的稳定性
- 改进了通过放置制表符和显示更多按钮来限制水平间距时的制表符栏
- 改进了导致建议 Assemble Contigs作的选择
- 修复了跨越特征边界的密码子有时被错误翻译或在 Sequence 视图中不显示翻译的各种问题
- 修复了在 macOS 上按住 Opt 键时显示的替代菜单作的各种问题
- 修复了在“文件和文件夹”面板中选择别名、符号链接或镜像文件时出现的问题
- 修复了取消注册时的误导性消息
- 改进了从列表中导入引物时的稳定性
- 提高在处理器和内存较少的较慢计算机上模拟 Golden Gate 克隆时的稳定性
- 提高在 Windows 上使用键盘调整下拉菜单时的稳定性
- 修复了循环化单链序列时的崩溃
- 提高从 NCBI 导入时的可靠性
- 提高使用 Flexera 共享许可证时的可靠性
- 改进了 GenBank 的解码特征方向性
- 更正了导出为 GenBank 或 FASTA 格式时的序列轨迹名称
- 导出到 GenBank 时，在 LOCUS 线上正确编码 RNA 分子类型
其他说明
- 将固定宽度字体更改为 Liberation Mono
- 合并 SnapGene 和 SnapGene 查看器应用程序，以提供简化的升级体验并简化应用程序安装和管理
- 更新了各种第三方工具：
- io_lib更新到 1.14.15
- Parasail 更新到 2.6.1
- Qt 更新到 6.2.12
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