Oligo

引物分析软件

当前版本:7.0 | 最新更新

 

Oligo 引物分析软件是设计和分析测序和PCR引物、合成基因以及各种探针(包括siRNA和分子信标)的重要工具。

基于最新的最近邻热力学数据,Oligo 的搜索算法可找到用于 PCR 的最佳引物,包括 TaqMan、高度多重、共有或简并引物。可以进行多个文件批处理。它也是定点诱变的宝贵工具。

对于每个引物或引物对,Oligo的各种分析窗口显示了大量有用的数据,例如 DNA 和 RNA 二级结构、二聚体形成、假引物和同源性、内部稳定性、组成和物理特性。使用 Oligo,您可以分析开放阅读框,直至蛋白质的预测分子量和 pKa,并搜索限制性内切酶位点,不仅在 DNA 中,而且是在逆翻译蛋白质中。

该软件的第一个版本于1989 年出现在市场上。它经历了几次修改,最后一次,从版本 6 到 7 的变化,是最全面的。Oligo 7 可以自动选择多重引物,以批处理模式处理序列文件,自动设计PCR 引物以在一次搜索中覆盖多个 DNA 区域,并自动查找引物/探针组以进行实时PCR 或查找巢式引物组。Oligo 搜索方案(评分系统)可以进行详细定制,因此您可以根据自己的具体需求优化结果。

Oligo 在 Macintosh 和 Windows 上运行,可以从此站点下载。单击上面的教程链接以查看 Oligo 7 的总体概述和主要的 Windows 屏幕设计。

OLIGO 的综合功能与其他几个商业引物设计应用相匹配,因此您可以设计用于高通量分析的探针、多路复用或专注于一组引物/探针,并针对尚未发布的新应用进行优化。

与其他在一定时间内许可软件的供应商不同,只要您使用它,Oligo 就会受到支持。我们仍然为使用 90 年代中期发布的 Oligo 5 的客户提供帮助。

 

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最新更新

Oligo 7 已经从头开始重新编写,以使其与不断变化的操作系统完全兼容。大部分源代码是用 Java 编写的,而计算密集型的部分则针对特定硬件进行了编写,以最大化计算速度。与版本 6 相比,Oligo 7 有几项变化。主要增强功能如下。

新界面

启动程序时仅显示一个更具信息量的窗口。Tm 图显示整个序列。多达 4 条(之前为 2 条)引物的位置以图形方式显示。此窗口还显示引物 Tm、PCR 产物、DNA(RNA)模板中的强发夹结构、引物中的潜在发夹结构、回文序列、从注释中读取的特征以及其他数据。

新的热力学参数

Oligo 7 实现了由 John SantaLucia (1, 2) 汇编的统一的近邻热力学模型。单个错配和悬垂末端的值已被纳入其中。这使得熔解温度值的表达变得复杂:Oligo 将标准熔解温度(不含错配和悬垂末端)报告为 tm,而包含错配和悬垂末端的熔解温度则报告为 Tm。

更多的引物/探针选项

引入了选择4条引物进行分析的能力。Oligo 6 只能处理2条。这一改进是为了便于寻找TaqMan探针和嵌套引物组。Oligo还可以自动搜索分子信标和siRNA。增加了一系列用户可编辑的设计约束条件,以便您可以搜索具有特定碱基或序列的引物。

新的搜索标准和整个搜索算法

在Oligo 7中,搜索时不再局限于固定的探针/引物长度。您现在可以选择引物的长度范围。子搜索的数量有所增加,因此您不仅可以限制3'端的稳定性,还可以限制5'端的稳定性,这有助于siRNA的选择。此外,增加了对模板中强发夹环的搜索。这一搜索功能本身并不包括引物设计,但通过它,您可以避开难以扩增的区域。序列约束选项允许您找到3'端和5'端具有特定碱基的引物。此外,还有一个选项可以限制引物中鸟嘌呤的数量,这大大提高了多重扩增的可能性。

引物和引物对的质量通过一个数字进行评分

许多Oligo用户请求这一功能,因为通过这种方式找到最佳引物非常简单。然而,不同的应用需要不同的方法,并且需要关注引物/探针的不同参数或特征。这导致了一个相当复杂且用户可自定义的评分系统。然而,在大多数情况下,修改定义并不是必要的。

增强的引物和探针搜索协议

引物和探针搜索协议允许用户“锁定”所有参数,例如 Tm 范围或 3' 稳定性 ⊗G 设置,以便在搜索过程中更严格地控制自动调整严格性设置,该设置会逐步放宽每个参数。此外,用户可以选择根据引物效率数字而不是 Tm 来平衡 PCR 引物,这已被证明可以提供更好的扩增结果。引物效率算法已略有修改。

自动 OLIGO 更新

在帮助菜单中,新增了“检查更新”选项。这使得可以从 MBI 的服务器自动安装新版本。在所有以前的版本中,这是一个繁琐的手动过程。

开放阅读框

这个新的分析窗口提供了所有开放阅读框(ORF)的信息,并提供了翻译蛋白的基本信息,包括分子量和 pKa。

同源性分析

除了检查假引物位点外,您还可以查看同源位点。

批量处理

现在可以在一次操作中对大量序列文件进行引物和探针搜索。这种类型搜索的结果会自动存储在结果文本文件中。

数据库功能

已大幅改进。主要变化是实现了完全自动化的多重化。除了存储单个寡核苷酸外,数据库还可以存储引物对。您还可以直接从数据库菜单检查寡核苷酸的二聚化情况。

功能改进

所有先前存在的窗口都已重新设计。它们的图形更加美观,并且通常比 Oligo 6 显示更多信息。一些窗口的功能也得到了增强。例如,您可以在“分析-选定寡核苷酸”窗口中读取引物列表的共识序列,或者从 PCR 窗口中读取有关四个而不是两个引物的信息。

Oligo 6 仅兼容旧操作系统,最高支持 Windows 7 和 Mac OS 8,而 Oligo 7 兼容所有当前的 Mac 和 Windows 系统(截至 2018 年 12 月)。

 

 

 


 

 

手册下载

Oligo 7 手册

完整用户指南

Oligo 7 完整用户手册包含软件的全面功能介绍、详细操作步骤和实用技巧。

  • 完整的软件功能介绍
  • 详细的操作步骤说明
  • 引物设计最佳实践
  • 常见问题解答
  • 高级功能使用指南

适合所有用户,从初学者到高级用户都能从中获得有价值的信息。

下载手册 (PDF格式)

Oligo 7 指南

快速入门指南

Oligo 7 快速入门指南帮助新用户快速掌握软件的基本功能和常用操作。

  • 软件安装与配置
  • 基本操作流程
  • 引物设计实例
  • 结果分析方法
  • 快捷键使用

特别适合初次使用Oligo软件的用户,帮助您快速上手并开始工作。

下载指南 (PDF格式)

 

 

 

 


 

 

系统要求

 Windows

最低

推荐

CPU

Pentium IV 1.80 GHz

Intel Core i3 (3rd Gen)

内存

1 GB

2 GB 或更多

硬盘空间

500 MB 可用空间

1 GB 可用空间

屏幕分辨率

800 x 600

1024 x 768

支持Windows 7/Windows 8/Windows 10

 

 

 


 

 

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