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Oligo引物分析软件当前版本:7.0 | 最新更新
最新更新Oligo 7 已经从头开始重新编写,以使其与不断变化的操作系统完全兼容。大部分源代码是用 Java 编写的,而计算密集型的部分则针对特定硬件进行了编写,以最大化计算速度。与版本 6 相比,Oligo 7 有几项变化。主要增强功能如下。 新界面启动程序时仅显示一个更具信息量的窗口。Tm 图显示整个序列。多达 4 条(之前为 2 条)引物的位置以图形方式显示。此窗口还显示引物 Tm、PCR 产物、DNA(RNA)模板中的强发夹结构、引物中的潜在发夹结构、回文序列、从注释中读取的特征以及其他数据。 新的热力学参数Oligo 7 实现了由 John SantaLucia (1, 2) 汇编的统一的近邻热力学模型。单个错配和悬垂末端的值已被纳入其中。这使得熔解温度值的表达变得复杂:Oligo 将标准熔解温度(不含错配和悬垂末端)报告为 tm,而包含错配和悬垂末端的熔解温度则报告为 Tm。 更多的引物/探针选项引入了选择4条引物进行分析的能力。Oligo 6 只能处理2条。这一改进是为了便于寻找TaqMan探针和嵌套引物组。Oligo还可以自动搜索分子信标和siRNA。增加了一系列用户可编辑的设计约束条件,以便您可以搜索具有特定碱基或序列的引物。 新的搜索标准和整个搜索算法 在Oligo 7中,搜索时不再局限于固定的探针/引物长度。您现在可以选择引物的长度范围。子搜索的数量有所增加,因此您不仅可以限制3'端的稳定性,还可以限制5'端的稳定性,这有助于siRNA的选择。此外,增加了对模板中强发夹环的搜索。这一搜索功能本身并不包括引物设计,但通过它,您可以避开难以扩增的区域。序列约束选项允许您找到3'端和5'端具有特定碱基的引物。此外,还有一个选项可以限制引物中鸟嘌呤的数量,这大大提高了多重扩增的可能性。 引物和引物对的质量通过一个数字进行评分许多Oligo用户请求这一功能,因为通过这种方式找到最佳引物非常简单。然而,不同的应用需要不同的方法,并且需要关注引物/探针的不同参数或特征。这导致了一个相当复杂且用户可自定义的评分系统。然而,在大多数情况下,修改定义并不是必要的。 增强的引物和探针搜索协议引物和探针搜索协议允许用户“锁定”所有参数,例如 Tm 范围或 3' 稳定性 ⊗G 设置,以便在搜索过程中更严格地控制自动调整严格性设置,该设置会逐步放宽每个参数。此外,用户可以选择根据引物效率数字而不是 Tm 来平衡 PCR 引物,这已被证明可以提供更好的扩增结果。引物效率算法已略有修改。 自动 OLIGO 更新在帮助菜单中,新增了“检查更新”选项。这使得可以从 MBI 的服务器自动安装新版本。在所有以前的版本中,这是一个繁琐的手动过程。 开放阅读框这个新的分析窗口提供了所有开放阅读框(ORF)的信息,并提供了翻译蛋白的基本信息,包括分子量和 pKa。 同源性分析除了检查假引物位点外,您还可以查看同源位点。 批量处理现在可以在一次操作中对大量序列文件进行引物和探针搜索。这种类型搜索的结果会自动存储在结果文本文件中。 数据库功能已大幅改进。主要变化是实现了完全自动化的多重化。除了存储单个寡核苷酸外,数据库还可以存储引物对。您还可以直接从数据库菜单检查寡核苷酸的二聚化情况。 功能改进所有先前存在的窗口都已重新设计。它们的图形更加美观,并且通常比 Oligo 6 显示更多信息。一些窗口的功能也得到了增强。例如,您可以在“分析-选定寡核苷酸”窗口中读取引物列表的共识序列,或者从 PCR 窗口中读取有关四个而不是两个引物的信息。 Oligo 6 仅兼容旧操作系统,最高支持 Windows 7 和 Mac OS 8,而 Oligo 7 兼容所有当前的 Mac 和 Windows 系统(截至 2018 年 12 月)。
手册下载Oligo 7 手册完整用户指南
Oligo 7 完整用户手册包含软件的全面功能介绍、详细操作步骤和实用技巧。
适合所有用户,从初学者到高级用户都能从中获得有价值的信息。 下载手册 (PDF格式)Oligo 7 指南快速入门指南
Oligo 7 快速入门指南帮助新用户快速掌握软件的基本功能和常用操作。
特别适合初次使用Oligo软件的用户,帮助您快速上手并开始工作。 下载指南 (PDF格式)
系统要求
支持Windows 7/Windows 8/Windows 10
产品咨询尊敬的客户朋友,如果您有任何问题或建议,可通过下表联系我们,我们会尽快与您联系。
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