上海卡贝信息技术有限公司

 

  

 

AlleleID®

为相关生物设计 qPCR 和微阵列检测

当前版本：7.8.5

AlleleID® 是一款综合性桌面工具，旨在应对细菌鉴定、病原体检测或物种鉴定的挑战。以 ClustalW 多序列比对为核心，AlleleID® 可用于设计用于微阵列或实时 PCR 的物种鉴定/跨物种探针，包括SYBR® Green、TaqMan® MGB、TaqMan® 探针、分子信标和实时 PCR 引物。AlleleID® 还支持设计用于检测可变剪接事件的微阵列实验。

物种鉴定试验/跨物种试验/等位基因鉴定试验

AlleleID® 使用 ClustalW 比对序列并分析保守和物种特异性区域。然后，您可以使用该程序进行实时 PCR 引物设计（包括SYBR® Green 引物设计）和双标记探针设计（TaqMan® 探针、TaqMan® MGB 探针和分子信标）。这些测定旨在仅检测混合物中的菌株（菌株检测）或感兴趣的物种。

用于检测成功的复杂算法

通过避免通过自动解释 BLAST 搜索结果发现的重要同源区域来设计高度特异性的寡核苷酸。通过避免模板二级结构来提高实时 PCR引物和探针的效率。“Minimal Set”是该程序中最具创新性的功能之一，可帮助设计最少数量的等位基因特异性寡核苷酸引物和双标记探针，从混合物中唯一识别每个所需的物种/菌株/分类群，从而降低分析成本。对于分类群或跨物种分析中，当组或分类群高度不同时，此功能特别有用。对于部分预先设计的、经过验证的引物组，AlleleID® 可以为其余序列设计兼容的引物和探针，用于物种鉴定或分类特异性分析。

功能特征

  • 跨物种/分类特定测定
  • 物种鉴定试验
  • 使用微阵列的基因剪接/替代剪接
  • 外显子结引物设计
  • 实时 PCR 引物设计
  • TaqMan® 探头设计
  • SYBR® Green Primer Design
  • 分子信标设计
  • FRET 探头设计
  • 微阵列探针设计
  • NEAT 检测设计
  • 数据库支持
  • 输入和输出格式

 

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