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CANOCO 5

Canoco是一套在生态学及几个相关领域内使用ordination methods来进行多变量统计分析的最常用程序包。Canoco最近版本(4.0和4.5)的用户指导在过去16年(1999-2014,ISI Web of Knowledge)中已经被引用达6800次。

Canoco 5是一套全新的,几乎完全重构的Canoco软件版本,在2012年10月发布,最新版本是5.12版(2019年10月3日)。

最新版本:5.12版

Canoco 5.1实现了特征 - 环境分析和微生物群系数据分析的新方法。 现有的Canoco 5客户可以使用Canoco 5中的常规更新流程更新到Canoco 5.1。

设计用于微生物组分析的新方法是加权对数比率PCA(Greenacre和Lewi,2009),并且类似RDA。 新版本中包含了Canoco用于微生物组分析的完整工作实例。

特征 - 环境分析用于通过社区加权平均值(CWM)相关性或第四角相关性进行。 这些方法将单个性状与单个环境变量相关联。 这些分析现在完全扩展到多特征多环境变量案例。 新方法允许您检测哪些特征与环境的相关性最高,反之,哪些环境变量显示与特征的最高相关性。 该方法建立了一个回归模型,允许您量化特征,环境及其组合解释的变化量。

新的特质 - 环境方法的基本原理已在一份报告和两篇已发表的论文中进行了总结。 第一篇文章链接了第四个基于GLM的回归,并给出了多特征多环境变量案例的扩展,这是简单的双约束对应分析(dc-CA)。 第二篇文章给出了dc-CA和Canoco使用的算法的完整描述。

Cormont等人(2011)的线性特征环境模型已经对双约束主成分分析(dc-PCA)进行了扩展。

新版本随每个新许可证附带了重新编写的手册。 免费更新包含Canoco5 / pdf文件夹中的pdf,其中包含Canoco 5.1中的主要更改.

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特征综述

分析和绘图功能与易于使用的电子表格数据编辑器集成在单个程序中。 现在,在Canoco 5项目中收集对一组数据表进行的所有分析,共享分析和图形设置。

Canoco为Windows 4.5提供的所有统计方法均可用,例如DCA,CA,CCA,DCCA,PCA和RDA方法-包括其部分变体,以及用于受约束排序方法的Monte Carlo置换测试,为即将到来的数据提供适当的置换设置 来自非平凡的抽样设计。

有关新的可用方法,请参见下文。

CanoDraw 4.x提供的所有可视化工具都可用(包括loess,GLM和GAM模型,用于在排序空间中可视化数据属性),其中许多功能得到了改进。

可以在程序本身中输入数据,也可以从Excel(.XLS或.XLSX格式)或Canoco 4.x数据文件轻松导入数据。 标签不再需要缩短为8个字符,但是这些简短的形式仍然可以在顺序图中显示,甚至可以从长形式中自动生成。 现在使用标准的因子编码(分类预测变量),在内部生成虚拟(0/1)变量。 编辑器允许将虚拟变量转换为因子,如果需要,还可以进行逆向转换。
现在可以轻松访问主要坐标分析(PCoA)和基于距离的RDA(db-RDA),添加了新的距离度量(总共11种距离类型,包括Bray-Curtis,Gower距离或Jaccard系数)。 同样,还支持非度量多维缩放(nMDS)。
对于两到三组预测变量,可以轻松进行变异分区,包括基于部分或非局部分析以及使用原始或调整后的变异估计值来计算已解释变异的各个分数。
变体划分框架中提供了邻居矩阵的主坐标(PCNM)方法。 当前的实现与Legendre&Legendre(2012)中描述的建议匹配,使用的是备用方法名称(dbMEM)。
现在,对主响应曲线(PRC)进行计算,检验和绘制图形是一项轻松的任务。
可以使用协函分析(CoCA,对称形式),包括对两个比较的社区类型之间的协方差进行蒙特卡洛置换检验。
在视觉上逐步增强了预测变量的选择,现在为防止I型错误膨胀提供了支持(使用所有预测变量进行初步测试,并通过以下三种方法之一对p值进行调整:错误发现率(FDR)估计,Holm校正和Bonferroni 更正。
可以对所有受约束的轴进行直接测试,并且可以将两个基准的结果与Procrustes分析进行比较。
您可以轻松地使用物种功能性状或导入有关物种系统发育相关性的数据,以及计算和使用功能多样性。
半透明的填充色,在有序图中显示变量箭头的校准轴或绘制封闭椭圆作为封闭多边形的替代功能,增强了可视化功能。 JPEG,TIFF和PDF格式的其他导出类型已添加到现有的导出类型(PNG,BMP,EMF,Adobe Illustrator)。
上下文相关的帮助系统和Canoco Adviser(一个专家系统,可以帮助您为研究问题选择适当的分析方法,排序模型的正确类型(线性与单峰),数据)为您的每一步工作提供支持 转换或对结果进行适当的可视化显示。 它甚至还建议您如何借助“图形向导”解释您创建的排序图.
高级用户可以在一次分析中结合多种方法,包括广义线性模型以使得分相关等。

CANOCO for Window 4.5

CANOCO for Window 4.5版软件由几个相关程序组合成。

这个程序是CANOCO的核心。通过使用它,你可以指定要分析的数据和排序模型,选
择分析的类型。你也可以选定一部分的被解释的变量和环境因子进入分析,也可以任意改变样方或物种的权重。所以这些选择都被集中在CANOCO程序的对话框中。

CANOCO for Window 带有比较全面的排序方法。核心部分是基于线性模型的 PCA 和RDA,基于单峰的模型的CA,DCA 和CCA。在这些基本排序方法基础上,CANOCO也可以做CVA (典范变量分析),PCoA (主坐标分析)。但 NMDS 并没有被包括,因为的确用得很少。

WCanoImp

这个程序用法受到了window的剪贴板和电子表格文件的限制。比如在 Excel2003以前的版本,列数仅有 256 列,这就意味着样方数或物种数不能两个同时超过256 个,否则需要分割。当然行数宽松点,但不能超过65536 行。如果
你的数据超过这个限制,你可以将你的数据分割为几个部分,经过WCanoImp 转化后,再用CanoMerge 程序拼接起来。(Excel2007的行列已经没有限制,这个问题已经不复存在)

CanoMerge

这个程序有如下三个用途,
1) 首要的任务是连接两个或多个包含相同样方但不同变量的数据文件。这个功能对于行数或列数两者均超过255 个变量很有用,能够拼接起来。如果你的数据列数超过了255 列,就可以分割为多个文件,注意,最好每个文件行数一样,而且行数最好是代表样方。分别将这些分割开的表格用 1.7节介绍的方法,转化一个个单独文件,然后利用CanoMerge将几个文件合成一个新的文件。“Add file” 是添加文件的按钮,把需要合成的文件加进来,然后按Merge按钮,给新的文件名字,就可以了。

2)可以用来将您的数据文件输出带制表符分隔的ASCII(文本)文件。这个功能是非常有用的,特别是如果您的数据因为太大而不适合存在 Excel表格里。而制表符格式文件可以被常有统计软件包直接应用。你直接将需要转为文本文件的数据文件用 add files按钮选到对话框,然后选中对话框最底下的选项“Write merged table in TAB-separated values format”,按下“Merge”按钮,即可生成文本文件。

3) 最后一个功能是可以过滤掉一些低频率的物种。在“Exclude variables with less than X positive values ”中的框中填上一个数字,这个数字代表如果一个物种所存在的样方少于 X 个,将被剔除出去。这个功能是相当有用的,因为在 Canoco程序里面,尽管你可以任意剔除任一变量,也可以用“downweighting of rare species ”来减少稀少种的权重,但都是很盲目的,无量化的标准。而 CanoMerge 程序中这个选项可以让你有目标地剔除一些低频率的物种。

 

 

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2020/8/13