CANOCO 5

当前版本：5.1.5 | 最新更新

Canoco是一套在生态学及几个相关领域内使用ordination methods来进行多变量统计分析的最常用程序包。最近Canoco版本（4.0、4.5和5.0）的用户指南在过去22年中被引用了11900多次（1999-2021，ISI知识网）。

Canoco 5是一套全新的，几乎完全重构的Canoco软件版本，在2012年10月发布，最新版本是5.15版。

特征综述

	分析和绘图功能与易于使用的电子表格数据编辑器集成在单个程序中。现在，在Canoco 5项目中收集对一组数据表进行的所有分析，共享分析和图形设置。		Canoco为Windows 4.5提供的所有统计方法均可用，例如DCA，CA，CCA，DCCA，PCA和RDA方法-包括其部分变体，以及用于受约束排序方法的Monte Carlo置换测试，为即将到来的数据提供适当的置换设置来自非平凡的抽样设计。
	CanoDraw 4.x提供的所有可视化工具都可用（包括loess，GLM和GAM模型，用于在排序空间中可视化数据属性），其中许多功能得到了改进。		可以在程序本身中输入数据，也可以从Excel（.XLS或.XLSX格式）或Canoco 4.x数据文件轻松导入数据。标签不再需要缩短为8个字符，但是这些简短的形式仍然可以在顺序图中显示，甚至可以从长形式中自动生成。现在使用标准的因子编码（分类预测变量），在内部生成虚拟（0/1）变量。编辑器允许将虚拟变量转换为因子，如果需要，还可以进行逆向转换。
·	现在可以轻松访问主要坐标分析（PCoA）和基于距离的RDA（db-RDA），添加了新的距离度量（总共11种距离类型，包括Bray-Curtis，Gower距离或Jaccard系数）。同样，还支持非度量多维缩放（nMDS）。		对于两到三组预测变量，可以轻松进行变异分区，包括基于部分或非局部分析以及使用原始或调整后的变异估计值来计算已解释变异的各个分数。
	变体划分框架中提供了邻居矩阵的主坐标（PCNM）方法。当前的实现与Legendre＆Legendre（2012）中描述的建议匹配，使用的是备用方法名称（dbMEM）。		现在，对主响应曲线（PRC）进行计算，检验和绘制图形是一项轻松的任务。
	可以使用协函分析（CoCA，对称形式），包括对两个比较的社区类型之间的协方差进行蒙特卡洛置换检验。		在视觉上逐步增强了预测变量的选择，现在为防止I型错误膨胀提供了支持（使用所有预测变量进行初步测试，并通过以下三种方法之一对p值进行调整：错误发现率（FDR）估计，Holm校正和Bonferroni 更正。
	可以对所有受约束的轴进行直接测试，并且可以将两个基准的结果与Procrustes分析进行比较。		您可以轻松地使用物种功能性状或导入有关物种系统发育相关性的数据，以及计算和使用功能多样性。
	半透明的填充色，在有序图中显示变量箭头的校准轴或绘制封闭椭圆作为封闭多边形的替代功能，增强了可视化功能。 JPEG，TIFF和PDF格式的其他导出类型已添加到现有的导出类型（PNG，BMP，EMF，Adobe Illustrator）。	·	高级用户可以在一次分析中结合多种方法，包括广义线性模型以使得分相关等。
	上下文相关的帮助系统和Canoco Adviser（一个专家系统，可以帮助您为研究问题选择适当的分析方法，排序模型的正确类型（线性与单峰），数据）为您的每一步工作提供支持转换或对结果进行适当的可视化显示。它甚至还建议您如何借助“图形向导”解释您创建的排序图。

最新版本：5.15版

Canoco 5.1实现了特征 - 环境分析和微生物群系数据分析的新方法。现有的Canoco 5客户可以使用Canoco 5中的常规更新流程更新到Canoco 5.1。

设计用于微生物组分析的新方法是加权对数比率PCA（Greenacre和Lewi，2009），并且类似RDA。新版本中包含了Canoco用于微生物组分析的完整工作实例。

特征 - 环境分析用于通过社区加权平均值（CWM）相关性或第四角相关性进行。这些方法将单个性状与单个环境变量相关联。这些分析现在完全扩展到多特征多环境变量案例。新方法允许您检测哪些特征与环境的相关性最高，反之，哪些环境变量显示与特征的最高相关性。该方法建立了一个回归模型，允许您量化特征，环境及其组合解释的变化量。

新的特质 - 环境方法的基本原理已在一份报告和两篇已发表的论文中进行了总结。第一篇文章链接了第四个基于GLM的回归，并给出了多特征多环境变量案例的扩展，这是简单的双约束对应分析（dc-CA）。第二篇文章给出了dc-CA和Canoco使用的算法的完整描述。

Cormont等人（2011）的线性特征环境模型已经对双约束主成分分析（dc-PCA）进行了扩展。

新版本随每个新许可证附带了重新编写的手册。免费更新包含Canoco5 / pdf文件夹中的pdf，其中包含Canoco 5.1中的主要更改。

如何更新到最新的Canoco版本

要将您当前的Canoco 5安装更新到最新的维护版本，请选择 Help|Check for updates 菜单命令，并按照对话框中显示的说明进行操作。请注意，Canoco经销商提供的用于评估软件的试用版无法更新。

CANOCO常见问题

1.Canoco 5可以运行在Windows 8/10/11和其他Windows平台吗?

Canoco 5在32位和64位版本的标准台式机和笔记本电脑上运行良好，适用于Canoco 5发布时的32位和64位版本。 Window 8.x和10还支持其他平台，例如通过用手指触摸屏幕管理的小型移动设备，但是，正如任何分析和可视化科学数据的程序一样，Canoco 5也不会擅长。

Canoco 5也适用于其他Microsoft操作系统，从安装了Microsoft Windows XP SP2或SP3的开始。这还包括Windows Vista和Windows 7。

2. Canoco 5可以运行在Linux或MacOS上吗？

Canoco 5在这些操作系统中没有原生实现，但是Canoco 5经测试可以在Linux的Wine或类似CrossOver包环境下运行。下面的截屏描述了Canoco工作在Ubuntu Linux工作空间生成的双标图(biplot)。

3. Canoco 5是64位程序吗？

在Canoco 5包中现在只有一个应用程序，安装程序根据Windows版本(32位或64位)来安装相应的版本(32位或64位)。文件读取和保存在Canoco 5的32位和64位版本之间兼容。

4. Canoco 5能够分析2万个样本和600个物种的数据集吗？

是的，肯定能，而且可以是更大的数据。在个人电脑上总有能分析的数据大小的限制，然而在5版中，Canoco自己限制为1.67亿表格行，1.67亿表格列。然而，操作系统强加了更严格的限制，即在32位Windows的情况下。标准应用程序无法在32位Windows中分配超过2 GB的内存，但Canoco 5使用特殊配置将其数据空间扩展到3 GB（在正确的Windows重新配置之后）。单个连续的内存块不能分配大于1 GB的大小，因此Canoco 5数据表限制为大约1.34亿个条目。另一个限制通常来自处理器速度，使得真正大数据的分析难以忍受地缓慢（但是你可以让计算机工作一整夜）。

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视频教程

1.导入数据

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2.第一次分析

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3.分析笔记本

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