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版本发布说明
版本 2024.0（2023 年 12 月 5 日）
补丁版本：2024.0.1 2024.0.2 2024.0.3 2024.0.4
特征：
- 克隆验证：用于添加、导出和记录验证元数据的可视化和半自动验证工具
- 参考地图：交互式测验，提供指导并帮助决定尝试哪种算法
次要功能和可用性改进：
- 云数据库：现在，当通过SSL设置时，可以正确使用自定义SSL证书。高级首选项中的 CustomTrustedCertificates
- De Novo Assembly：在交互式测验中添加了对替代汇编程序的建议
修复和小改动：
- 反向翻译：修复了在某些大型序列列表上不产生结果的错误
- 批量重命名：修复了创建高级批量重命名时罕见的挂起问题
- CRISPR：修复了安装和调用 Doench 2016 的过程
- 更改传播：修复了手动编辑可能导致更改错误传播的 bug
- 云数据库：
- 修复了创建多个文件夹时罕见的崩溃问题
- 修复了显示批量重命名选项时偶尔挂起的问题
- 改进了注销后登录所需的时间
- 修复了登录错误消息有时无法完全显示的问题
- 修复了提前关闭登录对话框时崩溃的问题
- 自定义 BLAST：修复了有时用户无法安装 NCBI 自定义数据库的 bug
- DeSeq2：修复了未正确比较多个间隔的注释的罕见崩溃问题
- 常规：修复了 Geneious Prime 关闭时罕见的崩溃问题
- 导入：修复了导入 excel 文件时出现的罕见问题
- 映射到参考：修复了罕见的崩溃问题
- 搜索：修复了一个罕见的错误，即在删除插件时搜索菜单可能会崩溃
- 共享数据库：
- 修复了导致 Geneious 在任何网络问题后冻结的错误
- 修复了一个罕见的错误，即 Prime 在连接到共享数据库时不会关闭
- 提高文档索引的效率
- 修剪端：修复了从工作流程中修剪时修剪序列上不正确的轨道注释
其他说明：
- Java：将捆绑的 JRE 版本更新到了 11.0.20.1+1
补丁 2024.0.1（2024 年 1 月 30 日）
修复和小改动：
- 退火寡核苷酸：更新了工作流程，以正确显示位于同一条链上的突出端
- 注释生成器：修复了在注释预测期间更改设置会产生错误结果的问题
- 爆炸：
- 修复了本地 blast 数据库在移动其包含文件夹时可能损坏的问题
- 导出为 BLAST 文本格式时按原始查询序列对命中进行分组
- 克隆验证：修复了跳转到开始和结束按钮有时不显示的错误
- 重叠群视图：修复了对大型重叠群进行排序时偶尔崩溃的问题
- 导入：修复了 GFF 序列名称中的某些字符导致导入时崩溃的 bug
- 世系：修复了在某些情况下手动编辑序列时引入错误数据的罕见错误
- 映射到引用：修复了一个错误，即具有许多歧义的引用未从 BBMap 的结果中链接
- 引：
- 修复了在运行“使用保存的引物测试”时无法正确检测到别名文档的 bug
- 修复了复制翻译引物可能失败的 bug
- SAM/BAM 导入程序：修复了将硬修整读取导入错误位置的 bug
- 序列视图：修复了在保存更改后有时更改所选注释的问题
- UniProt：固定数据库搜索
补丁 2024.0.2（2024 年 2 月 15 日）
修复和小改动：
- 导入：修复了 excel 导入器无法导入包含非拉丁字符的文件的 bug
- 参考映射：修复了在参考序列末尾相对于结构变体的插入时出现碰撞或不正确对齐的问题
补丁 2024.0.3（2024 年 3 月 6 日）
修复和小改动：
- 克隆：防止在同源克隆期间使用截断的“Gibson引物扩展”
- 云：修复了将元数据从 CSV 导入云工作区时的 bug
- 序列视图：修复了从某些对齐中提取序列或共识时崩溃的问题
其他说明：
补丁 2024.0.4（2024 年 3 月 26 日）
修复和小改动：
- 发 牌：
- 修复了“组”显示为团队订阅名称的 bug
- 修复了激活订阅时可能发生的罕见崩溃问题
- 共享数据库：已更新，允许在通过 geneious.properties 使用 Microsoft SQL Server 时使用 Windows 身份验证
版本2023.2 (2023年6月13日)
补丁版本：2023.2.1
特征：
- De Novo Assembly(从头组装)：交互式测验，提供指导并协助决定尝试哪种算法
次要功能和可用性改进：
- 长度图：添加了导出包含序列长度数据的 csv 文件的功能
- STAR：允许使用序列表作为参考
修复和小改动：
- 查找CRISPR位点：修复了某些序列列表在选择了“配对位点”选项的情况下发生的罕见崩溃
- 通用云数据库（测试版）：修复文件夹内容未正确下载的情况
- 元数据：修复了修改文档元数据类型时罕见的崩溃
补丁 2023.2.1（2023年7月25日）
次要功能和可用性改进：
- De Novo Assembly（从头组装）：启用交互式测验以自动下载安装插件
修复和小改动：
- 克隆验证：修复了导致崩溃和 UI 问题的罕见错误
- 从工作流克隆：修复了一个错误，即尽管之前有任何排序步骤，它都会将最长序列设置为第一个插入
- 云数据库：修复导入 BLAST 结果文件夹失败的问题
- 导入：修复了导入大型 zip 文件时不显示进度的错误
版本2023.1 (2023年2月21日)
补丁版本：2023.1.1 2023.1.2
特点:
- Geneious云数据库(测试版):增加了一个新的云数据库，提供10GB的免费、安全的个人数据存储
- 导入:增加了导入DNAStar Lasergene SeqBuilder(Pro) sbd文件格式的功能。
- Dotmatics平台集成插件:增加了一个插件，增加了在Bioregister中注册序列的能力。
修复和小改动:
- 注释:修正了一个错误，一些注释的属性被错误地反向补充
- 爆炸:当百分比接近但不完全是100%或0%时，百分比将不再显示舍入值
- 克隆验证:修正了一个罕见的拖放错误
- 文档信息:当文档有许多元数据部分时，提高了保存性能
- 常规:
- 将geneious使用的Log4j版本从2.17.1增加到2.19.0
- 修正了在弹出窗口中打开序列视图有时不工作的问题
- PDB进口商:更好地处理RoseTTAFold创建的PDB文件
- 插件:修复了Microsatellite插件中罕见的崩溃
- Primer Design:修复了当选择了一个区域时，在新安装中不选择包含区域选项的问题
- 蛋白质结构比对:修复了比对PDB文档时对多个模型的过度检查
- 工作流程:修正了导出为TSV的文档包含未选择字段的错误
补丁 2023.1.1 （2023年4月4日）
修复和小改动：
- BLAST：修复了使用具有间隙和质量的序列作为输入时崩溃的问题
- 克隆验证：修复了一个罕见的错误，即使用过滤器可能会导致崩溃
- 云：修复了注销云工作区时的一些崩溃问题
- 重叠群视图：修复了对大型重叠群进行排序时偶尔崩溃的问题
- DESeq2：新版本的Bioconductor现在在Linux上得到认可和支持
- 导入：DNAStar Lasergene SeqBuilder（Pro） .sbd 格式的引物现已被识别
- Java：将捆绑的 JRE 版本更新为 11.0.18+10
- NCBI结构数据库和PDB导入：修复了如果Beta表处于索引>= 1000的位置，加载PDB文档崩溃的错误
补丁 2023.1.2 （2023年4月27日）
修复和小改动：
- 通用云数据库（测试版）：修复文件夹内容未正确下载的情况
- 常规：修复了更新 Geneious 后 MacOS 上偶尔崩溃的问题
- SSL：修复了 Geneious Prime 无法访问 Windows 上受信任证书的错误
版本 2023.0（2022年11月2日）
补丁版本： 2023.0.1 2023.0.2 2023.0.3 2023.0.4
特征：
- CRISPR：添加了更多PAM来查找CRISPR位点
- 克隆验证：添加了在批量质粒验证期间自动进行序列比对的新工具
- 引物设计：增加了用于引物特异性测试的新工具
- STAR：添加了STAR，这是一种RNA-seq图谱仪，可执行高精度的剪接序列比对
- 工作流程：添加了用于将多个序列批量导出为单个图像的新工作流程
次要功能和可用性改进：
- CRISPR：能够选择单个脱靶序列
- 命令行界面：现在支持使用数据库文件夹作为输入
- Geneious Academy：在“帮助”菜单中添加了新Geneious Academy的快捷方式
- 常规：在网络数据库上加载所选文档的进度报告不再阻止用户活动
- 预处理：BBDuk不再需要单独的插件即可使用
- 用户界面：下拉列表现在支持过滤，并更清楚地显示何时可以输入自定义值
修复和小改动：
- 附注：
- 修复了导出带有“配对入门”列的注释表时崩溃的问题
- 修复了在批注表中按删除有时不会删除所选批注的问题
- 领结 2：更新至 Bowtie2 2.4.5
- CRISPR：为分析CRISPR编辑结果添加了最大间隙大小选项
- 命令行界面：修复了在本地数据库中找不到文档的错误
- 深色模式：使序列查看器选定的数字颜色变亮
- 从头程序集：修复了当最大不匹配设置设置为 0 时有时会产生包含不匹配的结果的问题
- 从头程序集和映射到引用：现在会立即失败，而不是有时在内存不足后继续
- 常规：
- 使用垫片时重新格式化的串联文件名
- 如果提供的名称无效，创建或重命名文件夹将要求使用其他名称
- 添加了”文件”菜单另存为 PDF...选项
- 修复了批量重命名非常大的序列列表时崩溃的问题
- 改进了文档保存性能，尤其是在网络数据库上
- 修复了在启动期间收集系统信息时罕见的崩溃
- 组序列：修复了将蛋白质序列与配对核苷酸序列分组在一起时崩溃的问题
- MAFFT：将 MAFFT 更新到版本 7.490
- 肌肉：将肌肉算法更新到版本 5.1
- 内存：处理某些大型数据集时减少了内存使用量
- SPAs：将 SPA 更新到版本 3.15.5
- 样本文件：添加了SARS-CoV-2基因组
- 序列视图：添加了在放大蛋白质序列视图时关闭三个字母氨基酸的选项
- 共享数据库：将默认 mysql 连接器更新为 8.0.28
- 共享数据库：修复了由于文档损坏而无法继续为共享数据库中的文档编制索引的 bug
- 启动：添加进度条以显示启动 Geneious 的进度
其他注意事项：
- 16S生物多样性：删除了16S生物多样性工具
- 插件开发工具包：修复了 DocumentUtilities.getDocumentsByURN()与其 javadoc 不匹配的返回行为
- 公共 API：添加了用于向下拉列表中的项目添加图章的 API
- TopHat：移除了TopHat RNAseq映射器
2023.0.1 补丁（2022年11月30日）
修复和小改动：
- CRISPR：修复了Doench2016算法对最近安装它的用户不起作用的错误
- 克隆验证：现在支持选择不相邻的名称部分以进行自动分组和映射
- 文档表：修复了名称列有时无法垂直滚动以匹配其他列
- NCBI：修复了结构数据库搜索失败的问题
- STAR：
补丁 2023.0.2（2023 年1月10日）
修复和小改动：
- BLAST：修复了存在间隙时使用翻译 BLAST 放置不正确的注释
- 映射到引用：修复了一个错误，该错误会导致“映射到引用”在加载选项时有时会冻结
- 共享数据库：修复了某些用户无法保存文件的问题
补丁 2023.0.3（ 2023 年1月18日）
修复和小改动：
- BLAST：修复了 2023.0.2 中引入的崩溃问题，当图形查询需要插入间隙时
- 引物设计：
- 修复了检查具有太多相似区域的异地时崩溃的问题
- 防止选项具有负值以避免崩溃
补丁 2023.0.4（ 2023 年1月26日）
修复和小改动：
- 修复了将文档移动到新数据库时无法正确保存新元数据类型的 bug。
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400-621-1085
