版本发布说明
版本 2025.2（2025 年 7 月 15 日）
补丁版本：2025.2.2
测试版 （2025.2.0） 于 2025 年 6 月 17 日发布
特征：
- Gibson 和 InFusion 克隆的增强功能：
- 现在可以将片段插入到选定主干中的多个位置
- 能够用限制性内切酶酶解载体骨架序列
- 循环序列现在可以用作输入序列，用作矢量主干
- 重新排列选项 UI，以改善消化主干序列时的流程
- 引物扩展现在可以包括从您的 Geneious 文档中选择的序列
- 保存到云中的工作流现在可以作为只读方式与组织内的特定人员或组共享
- 添加了云工作区导出功能，使管理员能够批量下载其多用户云工作区中的文档
- Cloud Workspace 性能改进：
- 改进了移动、删除或恢复多个文档时的性能
- 改进了对大量文档运行作时的性能
次要功能和可用性改进：
- 简化了 UI 以提高效率：
- 启用了将文件夹面板和序列视图选项作为折叠时鼠标悬停时显示的飞越选项
- 在工具栏中添加了一个按钮，用于折叠/展开服务树
- 文件夹的文档计数现在默认隐藏
- 添加了一个新的首选项，用于控制文档计数是否对源面板中的文件夹可见
- 更新了顶部工具栏布局，将搜索栏向左移动并简化按钮
- 内存条现在默认隐藏
- 改进了舒适主题中的文本大小和布局
- 添加了在 Cloud Workspace 中查看 Annotator 结果文档时打开 Geneious Biologics 的链接
- 工作流程：
- 在“工作流管理器”列表中添加了部分标题，以指示哪些工作流保存到云工作区或共享数据库
- 在工作流编辑器中添加了共享选项，该选项将在登录 Cloud Workspace 时显示
- 克隆验证：
- 现在允许在每个组仅包含单个读取序列时自动分组
- 默认情况下，运行“克隆验证”工具时不再创建“映射到参考装配报告”（Map to Reference Assembly Report）
- Dotmatics Luma：现在在向 Luma 提交构造时注册质粒特征
修复和细微更改：
- 授权：
- 改进了对使用可移动网络适配器时通过电子邮件登录激活 Geneious Prime 的支持
- 更新了链接到许可协议和隐私政策的位置
- 在 arm64 Apple 计算机上使用函数并且需要安装 Rosetta 2 才能成功运行时添加了消息对话框
- 移动到“已删除邮件”的云文档对具有读取权限的其他人显示得更快
- 改进了其他人在编辑文档时查看文档时的错误处理
- 在“备份数据”对话框中添加了对云导出行为的说明
- 改进了将文档从 Cloud Workspace 和共享数据库复制到剪贴板的性能
- 修复了当 Windows 用户帐户名称包含非拉丁字符时无法在 Windows 计算机上激活电子邮件登录许可证的问题
- 更正了在深色模式下运行 Geneious Prime 时名称列标题的颜色
- 现在，在旧版本的 Prime 中查看文档时，文档历史记录可用
- 点阵亮度：
- 现在，在反向翻译蛋白质序列时保留 Luma 抗体 ID
- 修复了某些注释无法用于提交谓词产品的问题
- 修复了抗体搜索以执行不区分大小写的搜索的问题
- 修复了阻止提交无效构造的克隆验证结果的错误
- 修复了导致某些查询缺少搜索结果的错误
- 修复了一个错误，该错误会导致返回过多数据时搜索查询失败
- 云工作空间：
- 减少了空云工作空间的网络连接使用
- 修复了加载文档时罕见的崩溃
- 修复了保存工作流作时崩溃的问题
- 修复了某些网络连接被阻止时单击文件夹导致的崩溃
- 修复了计算机从长时间睡眠中唤醒后延迟检测文件夹更改的问题
- 修复了计算机从空闲状态唤醒后发生的罕见挂起问题
- 修复了 Prime 因 Geneious Cloud 崩溃时的误导性插件消息
- 修复了在长时间运行的作期间注销时发生的某些崩溃，导致下次启动 Prime 时发出通知的问题
- 修复了当两个已删除文件夹具有相同名称时发生的崩溃
- 修复了删除工作区中的文档时罕见的崩溃
- 修复了将文档从“已删除邮件”移动到新位置时发生的崩溃
- 修复了导致已删除文件夹在“已删除邮件”中移动时错误还原的错误
- 修复了永久删除文件夹时显示的警告
- 修复了当您的 Geneious 数据位置位于 macOS 上 ExFAT 格式的 USB 驱动器上时使用的数据同步软件的崩溃和错误警告
- 修复了文档表和复选框行为中的一些视觉错误
- 对克隆验证报告视图进行了各种外观改进和小错误修复
- 更新了在网络驱动器上创建数据目录时的警告消息，以包含有关 Geneious Cloud 的信息
- 改进了有关在大型路线或重叠线上运行修剪端的潜在性能问题的警告对话框
- 修复了在序列视图中计算统计信息时发生的罕见崩溃问题
- 修复了编辑大型重叠群时有时在重叠群视图中发生的崩溃问题
- 修复了导致 Geneious 在连接到共享数据库时挂起的错误
- 修复了在未选择文件夹的情况下尝试设置文件夹颜色时发生的崩溃
- 修复了在旧文档上生成 FastQC 质量报告时发生的崩溃问题
- 修复了键入以过滤文档表有时会将键入的第一个字母的两个副本放入过滤器框中的错误
- 修复了一个罕见的错误，即如果使用云工作区中的文档运行作，则加载过去运行的克隆选项可能会失败
- 修复了 Sassafras 许可证初始化问题
- 修复了 Gibson 克隆中未遵循“将结果分离为”和“将构造另存为列表”选项的错误
- 修复了在有足够的可用内存时偶尔会耗尽内存的问题
- 修复了 Geneious 无法连接到浮动许可证管理器时可能发生的崩溃
- 修复了在限制克隆期间修改悬垂时可能发生的罕见挂起
其他说明：
- PAUP* 和 Phobos 插件不再可通过 Geneious Prime 下载
- 对于切换或调整其 Geneious 许可证的客户，我们对自动配置 Cloud Workspaces 进行了许多改进
补丁 2025.2.2（2025 年 8 月 25 日）
修复和细微更改：
- 添加了云工作区何时处于受限模式的指示
- Windows 性能：降低磁盘访问频率，以减轻病毒扫描软件对性能的潜在影响
- 修复了在 Gibson 克隆中添加或删除插入时“分离依据”的问题
- 许可：修复了可能导致许可证激活对话框加载失败的问题
- 导入：修复了导入测序读数并选择不另存为序列列表时可能发生的崩溃
- 比对/重叠群视图：修复了共识序列翻译有时不显示的问题
其他说明：
- 从 NCBI 服务中删除了基因组数据库搜索，因为该数据库已被 NCBI 停止使用
版本 2025.1（2025 年 3 月 12 日）
补丁版本：2025.1.2 2025.1.3
测试版 （2025.1.0） 发布于 2025 年 2 月 11 日
特征：
- Apple Silicon：在 macOS 上添加了对 ARM64 架构的原生支持
- 云工作空间：
- 提高同时执行多个文档更改时的性能
- 文件夹面板中的新删除邮件，允许软删除和恢复文档
- 添加了对在工作区内创建和共享组的支持（仅限企业版）
- 改进了保存更改时某些作的性能
- NGS 质量报告：导入后自动生成序列表的 FastQC 质量报告
- UI 增强：
- 更新了 UI 布局，添加了新的舒适和紧凑密度选项
- 在文档表和文件夹树上添加了新的悬停效果
- 将筛选器按钮移至文档表的左侧
- 添加了筛选和列管理按钮的文本
次要功能和可用性改进：
- 克隆验证：
- 用于选择参考序列和分配读取的增强 UI
- 添加了通过从读取区域拖放来添加参考序列的功能
- 添加了一个选项，用于将组重命名到作和烤肉串菜单中
- 结果视图现在以表格格式打开，并在手动展开时加载序列视图
- 改进了使用多个序列运行时克隆验证作的性能
- 各种其他视觉改进和错误修复
- 云管理：将 Geneious Prime 中的管理面板替换为用于管理云用户帐户的 Web 应用程序
- 命令行界面：
- 在单个命令中添加了对导入和导出的支持
- 为 CLI 创建了新的复制作
- 添加了在本地和云工作区之间运行作的功能
- 点阵亮度：
- 搜索和导入抗体设计集
- 将Luma注册中的唯一ID同步到发送到Luma的序列
- 启用将克隆验证结果提交到 Luma
- 启用为单个结构提交多个预测产品
- 导入/导出：Genbank 导入现在支持 geo_loc_name 字段
- 序列视图：更新了平移帧行为，仅当将 CDS 或 ORF 类型的注释添加到未注释的序列时，才会自动切换到“通过选择或注释”
- 增强了拖放导入到 Geneious 中，以支持整个 UI 中的其他放置区域
修复和细微更改：
- 云工作空间：
- 修复了在 Geneious Cloud 完成加载之前单击“注销”时会出现的问题
- 修复了同时对文档运行多个作时偶尔发生的崩溃
- 修复了注销时发生的一些罕见崩溃
- 修复了文件夹显示和更新方式的几个不常见错误
- 修复了工作流共享有时不会与整个工作区共享的问题，而实际上它应该共享
- 修复了将文件从云工作区备份到本地存储时发生的错误
- 修复了人们无意中注销 Geneious Cloud 的问题
- 修复了在云文档上运行 BLAST 搜索时的崩溃问题
- 修复了测试版中两个已删除文件夹具有相同名称时发生的崩溃
- 修复了导入路线时文档链接的问题
- 改进了重命名文档或文档字段时批量重命名的速度
- 修复了取消创建或上传新文档时发生的崩溃问题
- 改进了上传文档时的一些进度消息
- 修复了升级 Geneious Prime 时云文档历史记录消失的问题
- 添加了一个列和消息传递，用于传达“已删除邮件”中的文档何时被永久删除
- Cloud Workspace 和共享数据库：现在可以复制引用当前用户无权访问的文档的文件夹和文档，但引用的文档除外
- 密码子优化：当由于设置过于严格而无法创建优化序列时，改进了消息传递
- 从头组装：修复了在某些情况下，当序列末端重叠超过 30 bp 时，从头组装循环序列不会产生循环结果的问题
- 导入/导出：
- 改进了导入 Genbank 文件时对单基间隔和无效间隔的处理
- 当某些正在导出的文档缺少数据（例如，由于文件同步软件失败）时，这些文档现在将从导出中排除，并通过警告对话框进行通知
- 当数据库中存在无法索引的损坏文档时，CSV 导入不再停止等待索引完成
- 改进了将新导入的文档突出显示为未读
- 授权：
- 修复了使用电子邮件登录许可证激活 Geneious Prime 时离线超过一天时发生的错误
- 修复了使用电子邮件登录激活 Geneious Prime 时的各种其他问题
- 映射到引用：改进了具有大量 CPU 的计算机的性能
- NCBI BLAST：
- 删除了“其他参数”选项
- 删除了将 E 值设置为零的无效选项
- 快速质量控制：
- 修复了测试版中将序列导入 Cloud Workspace 时无法自动生成 FastQC 报告的问题
- 防止用户在 FastQC作当前正在进行或排队时单击“创建 QC 报告”按钮
- 序列视图：修复了尝试查看太大而无法加载到内存中的序列列表时罕见的崩溃问题
- 修复了金门克隆在序列表上运行时不会警告多个限制位点的错误
- 在某些情况下，在创建大型比对线或重叠群时提高了性能
- 修复了选择和删除联网文档时有时发生的崩溃问题
- 更正了在深色模式下查看树查看器中有根和无根树的图标
- 修复了从导入的 VectorNTI 文档中提取时发生的罕见错误
- 更新了 macOS 的本地网络警告弹出消息
- 修复了在 macOS 中按住 Control 键单击已选择的文档会导致文档字段进入编辑模式，同时还会调出上下文菜单并崩溃的问题
- 修复了一个错误，即如果序列包含 ？字符
- 修复了在网络数据库中选择文档时有时会发生的罕见崩溃
- 修复了网络断开连接后关闭 Geneious Prime 期间可能发生的罕见挂起问题
- 修复了同时创建多个注释轨道时可能发生的罕见错误
- 修复了将鼠标悬停在文档表中未选择的行上时，复选框有时会出现选中的错误
- 修复了内存使用过多导致 Geneious 有时静默停止的问题
- 修复了 Geneious Prime 2025 测试版中的一个错误，该错误阻止将用户添加到新安装的 Geneious 服务器数据库安装中
- 修复了一个错误，即如果从列表中提取了序列，则序列列表文档中序列的注释将从原始序列中删除
- 现在，在提取序列时，存储在序列列表文档中的序列中的注释将附加到其相应的序列
- 修复了运行限制克隆时注释的罕见错误
Other Notes:
- Java：
- 将 macOS 上的捆绑 JRE 版本更新到版本 21.0.4
- 更新了插件开发工具包，以便在所有作系统上使用 Java 21
- 授权:
- 停止支持使用 Flexnet 个人和团体许可证激活 Geneious
- 删除了对从 Flexnet 浮动许可证借用浮动许可证席位的支持
- NCBI PopSet 数据库搜索已从 Geneious 中删除，因为该数据库已被 NCBI 停止使用
补丁 2025.1.2（2025 年 3 月 25 日）
修复和细微更改：
- 云工作空间：
- 修复了断开互联网连接时偶尔崩溃的问题
- 修复了拖放许多文档后速度变慢/冻结的问题
- 修复了在所有其他列都处于隐藏状态时右键单击文档表中的文档名称时可能发生的崩溃问题
- 修复了通过在文档表中拖动选择多个文档时可能发生的崩溃
补丁 2025.1.3（2025 年 5 月 27 日）
修复和细微更改：
- Cloud Workspace：修复了多个已删除同名文件夹导致的崩溃问题
- 修复了使用浮动许可证时关闭期间可能发生的挂起问题
- 将捆绑的 Java 版本更新到 21.0.7
版本 2025.0（2024 年 9 月 17 日）
补丁版本：2025.0.1 2025.0.2 2025.0.3
特征：
- BLAST 序列搜索增强功能：
- 使用所选序列预填 NCBI BLAST 网站表单以直接在 NCBI 网站上运行 BLAST 的新选项
- 添加了选项卡，用于对您自己的数据库运行自定义 BLAST 或直接在 Geneious Prime 中对 NCBI 服务器运行 BLAST
- 更新了 NCBI BLAST 选项中的消息，以指示大型查询可能出现的速率限制，并推荐替代 BLAST 方法
- Geneious Cloud 增强功能：
- 显著的性能增强，包括在导入、保存和删除文件时，尤其是在处理以前查看的文件时
- 现在，您可以更轻松地查看哪些文件夹与整个组织共享
- 添加了用于指定缓存大小的选项
- 生成和查看 NGS 序列的 QC 报告：
- 使用 Babraham Bioinformatics 的 FastQC 工具计算包含质量数据的序列列表的报告
- 在序列列表文档上提供的新查看器选项卡中创建和查看 QC 报告
- 在修剪或编辑序列数据时轻松重新运行分析
- 将 QC 报告导出为 html 文件以供记录
- 通过 Workflows 为多个文档批量创建 QC 报告
- 与 Dotmatics Luma 无缝集成：
- 通过文件夹面板中的新服务从 Geneious Prime 登录到 Luma
- 从 Geneious Prime 中搜索 Luma，从 Geneious Biologics 下载您的序列选择，用作克隆插入片段
- 将您的克隆反应详细信息（包括骨架、部分和预测翻译）提交给 Luma，用于注册和实验室工作流程
次要功能和可用性改进：
- 分析 CRISPR 编辑结果：显示变异分析百分比计算中包含的读取数
- 克隆增强功能：
- 克隆部件的注释现在是“片段”类型，而不是“串联序列”
- “片段”注释包括可单击的链接，用于跳转到大多数克隆类型的输入序列
- 限制性实验和 Golden Gate 克隆操作现在在检查内部切割时考虑甲基化切割位点
- 在进行 Gibson / Homology 或 InFusion 克隆时，使用合成序列而不是设计引物来生成具有重叠插入片段的新选项
- 克隆验证：改进了自动映射功能，可将读数分配给参考序列
- 序列视图：
- 当显示圆形概览时，主序列视图现在默认使用线性环绕视图
- 现在，当新注释添加到以前未注释的序列时，翻译帧会自动设置为使用“注释或选择”
- 从独立序列中提取的注释包括一个可单击的链接，该链接可返回到从中提取序列的序列和区域
修复和细微更改：
- 命令行界面：
- 修复了将 --log-level 设置为 INFO 会导致 Geneious Prime 崩溃的 bug
- 现在，当有多个连接到同一个共享数据库时，应该发出警告
- 改进了使用 Geneious 中的文档作为输入或输出时的匹配和错误消息
- Geneious Cloud：
- 修复了尝试上传名称为空或名称包含反斜杠的文档时出现的上传错误
- 修复了文件夹内容无法显示部分结果的错误
- 修复了保存文档时发生的罕见冻结
- 修复了如果在加载引物时删除文件夹，则会导致弹出许多对话框的错误
- 修复了在登录后立即注销云时的崩溃
- 在不同位置将 “Cloud Database” 重命名为 “Cloud Workspace”
- 修复了删除文档时有时出现的问题
- 修复了使用 Geneious Cloud 的 Geneious Biologics 客户无法记住登录详细信息的错误
- 修复了在登录到云时更改数据目录时的错误
- Geneious Server Database：删除了用户帐户具有服务器登录名的可选要求
- 导入：
- 修复了导入具有大量 SHEET 元素的 pdb 文档时的错误
- 修复了有时导致大型 Excel 文件导入失败的问题
- 以 GenBank 平面格式导入序列时，将 LOCUS 字段中的日期设置为 Geneious Prime 中文档的修改日期
- 修复了 BLAST XML 导入的错误，其中在以查询为中心的比对中使用 NCBI 查询 ID 而不是序列名称
- 现在，在以 BLAST XML 格式导入 BLAST 结果时，将 NCBI 查询 ID 作为单独的元数据字段导入
- 授权：
- 改进了使用过期订阅运行 Geneious Prime 时的消息收发
- 修复了多次单击“激活”时许可证激活对话框会多次弹出的错误
- 修复了在使用便携式网络适配器时使用电子邮件登录激活时导致 Geneious 被取消注册的偶尔问题
- 序列视图：
- 修复了循环序列的注释可能在线性视图中的序列之外显示的错误
- 修复了鼠标滚轮缩放有时不缩放到所选区域的问题
- 修复了环状序列或引物上有突出端序列的色谱图显示错误
- 修复了移动循环序列原点后的错误选择
- 共享数据库：
- 默认切换 MySQL 连接以使用 MariaDB 提供的驱动程序
- 修复了一个错误，该错误会导致通过 geneious.properties 配置的 MySQL 连接需要自定义驱动程序
- 修复了在创建工作流和编辑 BLAST 选项时发生的崩溃
- 修复了 SPAdes 首次运行失败并需要再次单击 OK 才能运行的罕见错误
- 修复了从 Geneious Prime Dev 套件运行任何 ant 命令时出现的“plugin-env.xml file missing”错误
- 修复了阻止某些用户在 MacOS 上向 GenBank 提交序列的错误
- 修复了 Cloning Validation 工具中序列的显示问题
- 修复了加载 Mauve 选项时挂起的问题
- 修复了从列表中提取序列时发生的偶然性崩溃
- 修复了使用可编辑字段时罕见的崩溃
- 修复了在循环序列上运行时克隆可能失败的错误，该错误包含间隔超出序列长度的注释
- 修复了打印大型文档时页码不正确的错误
- 更改了文件夹面板中用于本地数据库的文件夹树图标
- 修复了具有自由端间隙的全局对齐有时会产生非最佳对齐的问题
- 修复了在序列边界之外找到点击位置的错误
- 更新了对话框中报告传播世系失败的消息
- 修复了在具有大量深度嵌套节点的系统发育树上选择 Alignment View 时有时出现的问题
- 修复了向某些对齐添加注释有时可能失败的错误
- 修复了当数据库包含具有许多嵌套子文件夹的文件夹时可能发生的启动时的偶然崩溃
其他说明：
- Java：将捆绑的 JRE 版本更新为 11.0.24（适用于 Mac）和 21.0.4（适用于 Windows 和 Linux）
- 将 BLAST+ 工具的下载 URL 更新为 ftp.ncbi.nlm.nih.gov
- 不再支持 Linux 上的旧版 Flexnet 许可证
- 停止对 DualBrothers 插件的支持
- 将 SPAdes 更新到 v4.0.0
补丁 2025.0.1（2024 年 10 月 22 日）
次要功能和可用性改进：
- Geneious Cloud：为启用了 API 密钥的组织中的管理员用户添加了 API 密钥管理
- 支持 QC 报告的打印和保存为 PDF
修复和细微更改：
- Genbank 导入：修复了在 GenBank 文件中跨 3 行或更多行的特征值中插入额外空格的错误
- Geneious Cloud：修复了在导入并使用特别大的文档时偶尔出现的失败问题
- 本地文档：修复了在无法将云文档复制到本地文档后有时发生的崩溃
- 在注销后使用电子邮件登录重新登录变得更加容易
- 修复了 Primer Design 中 Design for Sequencing 偶尔会失败的错误
- 改进 NCBI 搜索因数据库不可用错误而失败时的消息传递
- 修复了在 macOS 上查看序列时可能发生的罕见崩溃
- 修复了尝试通过工作流运行 BLAST 时发生的 beta 版崩溃问题
- 改进了深色模式下 QC 报告的外观
- 修复了 Beta 版中的一个错误，即 QC 报告中的文件名在 macOS 上可能显示得非常小
- 修复了 beta 版中的一个错误，即如果 geneious.properties 文件中的 enable-ncbi-webservices 或 enable-ncbi-blast 值设置为 false，则不会显示 BLAST 选项
- 为安装 Geneious Prime 时可能出现的问题添加了更好的错误消息
其他说明：
- 更新了样品文档，以包含具有质量的序列列表的 QC 报告
- 更新了 Geneious 插件开发工具包运行配置，以在适用于 Windows 和 Linux 的 Java 21 下运行时与 Geneious 匹配
- 更新了应用程序图标和 Geneious Prime 徽标
补丁 2025.0.2（2024 年 10 月 31 日）
修复和细微更改：
- 修复了无法从工作流访问自定义 BLAST 数据库的错误
- 修复了 Beta 版中在注释或编辑某些序列列表时可能发生的崩溃
- 修复了阻止某些 Windows 和 Linux 用户更新到 Geneious Prime 2025.0 的问题
补丁 2025.0.3（2024 年 11 月 26 日）
修复和细微更改：
- Geneious Cloud：
- 修复了 websockets 不可用时发生的崩溃问题
- 修复了尝试下载或备份大量数据时偶尔发生的崩溃
- 修复了在启用换行的情况下放大到大型序列时性能不佳的问题
版本 2024.0（2023 年 12 月 5 日）
补丁版本：2024.0.1 2024.0.2 2024.0.3 2024.0.4 2024.0.5 2024.0.7
特征：
- 克隆验证：用于添加、导出和记录验证元数据的可视化和半自动验证工具
- 参考地图：交互式测验，提供指导并帮助决定尝试哪种算法
次要功能和可用性改进：
- 云数据库：现在，当通过SSL设置时，可以正确使用自定义SSL证书。高级首选项中的 CustomTrustedCertificates
- De Novo Assembly：在交互式测验中添加了对替代汇编程序的建议
修复和小改动：
- 反向翻译：修复了在某些大型序列列表上不产生结果的错误
- 批量重命名：修复了创建高级批量重命名时罕见的挂起问题
- CRISPR：修复了安装和调用 Doench 2016 的过程
- 更改传播：修复了手动编辑可能导致更改错误传播的 bug
- 云数据库：
- 修复了创建多个文件夹时罕见的崩溃问题
- 修复了显示批量重命名选项时偶尔挂起的问题
- 改进了注销后登录所需的时间
- 修复了登录错误消息有时无法完全显示的问题
- 修复了提前关闭登录对话框时崩溃的问题
- 自定义 BLAST：修复了有时用户无法安装 NCBI 自定义数据库的 bug
- DeSeq2：修复了未正确比较多个间隔的注释的罕见崩溃问题
- 常规：修复了 Geneious Prime 关闭时罕见的崩溃问题
- 导入：修复了导入 excel 文件时出现的罕见问题
- 映射到参考：修复了罕见的崩溃问题
- 搜索：修复了一个罕见的错误，即在删除插件时搜索菜单可能会崩溃
- 共享数据库：
- 修复了导致 Geneious 在任何网络问题后冻结的错误
- 修复了一个罕见的错误，即 Prime 在连接到共享数据库时不会关闭
- 提高文档索引的效率
- 修剪端：修复了从工作流程中修剪时修剪序列上不正确的轨道注释
其他说明：
- Java：将捆绑的 JRE 版本更新到了 11.0.20.1+1
补丁 2024.0.1（2024 年 1 月 30 日）
修复和小改动：
- 退火寡核苷酸：更新了工作流程，以正确显示位于同一条链上的突出端
- 注释生成器：修复了在注释预测期间更改设置会产生错误结果的问题
- 爆炸：
- 修复了本地 blast 数据库在移动其包含文件夹时可能损坏的问题
- 导出为 BLAST 文本格式时按原始查询序列对命中进行分组
- 克隆验证：修复了跳转到开始和结束按钮有时不显示的错误
- 重叠群视图：修复了对大型重叠群进行排序时偶尔崩溃的问题
- 导入：修复了 GFF 序列名称中的某些字符导致导入时崩溃的 bug
- 世系：修复了在某些情况下手动编辑序列时引入错误数据的罕见错误
- 映射到引用：修复了一个错误，即具有许多歧义的引用未从 BBMap 的结果中链接
- 引：
- 修复了在运行“使用保存的引物测试”时无法正确检测到别名文档的 bug
- 修复了复制翻译引物可能失败的 bug
- SAM/BAM 导入程序：修复了将硬修整读取导入错误位置的 bug
- 序列视图：修复了在保存更改后有时更改所选注释的问题
- UniProt：固定数据库搜索
补丁 2024.0.2（2024 年 2 月 15 日）
修复和小改动：
- 导入：修复了 excel 导入器无法导入包含非拉丁字符的文件的 bug
- 参考映射：修复了在参考序列末尾相对于结构变体的插入时出现碰撞或不正确对齐的问题
补丁 2024.0.3（2024 年 3 月 6 日）
修复和小改动：
- 克隆：防止在同源克隆期间使用截断的“Gibson引物扩展”
- 云：修复了将元数据从 CSV 导入云工作区时的 bug
- 序列视图：修复了从某些对齐中提取序列或共识时崩溃的问题
其他说明：
补丁 2024.0.4（2024 年 3 月 26 日）
修复和小改动：
- 授权：
- 修复了“组”显示为团队订阅名称的 bug
- 修复了激活订阅时可能发生的罕见崩溃问题
- 共享数据库：已更新，允许在通过 geneious.properties 使用 Microsoft SQL Server 时使用 Windows 身份验证
补丁 2024.0.5（2024 年 4 月 16 日）
其他说明：
补丁 2024.0.7（2024 年 7 月 16 日）
次要功能和可用性改进：
- 更新了 NCBI BLAST 提交时间，以更好地符合速率限制要求
其他说明：
- Geneious Cloud：修复了文档偶尔会因引用不可用文档而无法导入云的错误
- 现在，在启动时检测对存储位置的访问是否太慢，并建议选择其他位置
- 修复了激活基于用户的许可证时有时发生的挂起问题
版本2023.2 (2023年6月13日)
补丁版本：2023.2.1
特征：
- De Novo Assembly(从头组装)：交互式测验，提供指导并协助决定尝试哪种算法
次要功能和可用性改进：
- 长度图：添加了导出包含序列长度数据的 csv 文件的功能
- STAR：允许使用序列表作为参考
修复和小改动：
- 查找CRISPR位点：修复了某些序列列表在选择了“配对位点”选项的情况下发生的罕见崩溃
- 通用云数据库（测试版）：修复文件夹内容未正确下载的情况
- 元数据：修复了修改文档元数据类型时罕见的崩溃
补丁 2023.2.1（2023年7月25日）
次要功能和可用性改进：
- De Novo Assembly（从头组装）：启用交互式测验以自动下载安装插件
修复和小改动：
- 克隆验证：修复了导致崩溃和 UI 问题的罕见错误
- 从工作流克隆：修复了一个错误，即尽管之前有任何排序步骤，它都会将最长序列设置为第一个插入
- 云数据库：修复导入 BLAST 结果文件夹失败的问题
- 导入：修复了导入大型 zip 文件时不显示进度的错误
版本2023.1 (2023年2月21日)
补丁版本：2023.1.1 2023.1.2
特点:
- Geneious云数据库(测试版):增加了一个新的云数据库，提供10GB的免费、安全的个人数据存储
- 导入:增加了导入DNAStar Lasergene SeqBuilder(Pro) sbd文件格式的功能。
- Dotmatics平台集成插件:增加了一个插件，增加了在Bioregister中注册序列的能力。
修复和小改动:
- 注释:修正了一个错误，一些注释的属性被错误地反向补充
- 爆炸:当百分比接近但不完全是100%或0%时，百分比将不再显示舍入值
- 克隆验证:修正了一个罕见的拖放错误
- 文档信息:当文档有许多元数据部分时，提高了保存性能
- 常规:
- 将geneious使用的Log4j版本从2.17.1增加到2.19.0
- 修正了在弹出窗口中打开序列视图有时不工作的问题
- PDB进口商:更好地处理RoseTTAFold创建的PDB文件
- 插件:修复了Microsatellite插件中罕见的崩溃
- Primer Design:修复了当选择了一个区域时，在新安装中不选择包含区域选项的问题
- 蛋白质结构比对:修复了比对PDB文档时对多个模型的过度检查
- 工作流程:修正了导出为TSV的文档包含未选择字段的错误
补丁 2023.1.1 （2023年4月4日）
修复和小改动：
- BLAST：修复了使用具有间隙和质量的序列作为输入时崩溃的问题
- 克隆验证：修复了一个罕见的错误，即使用过滤器可能会导致崩溃
- 云：修复了注销云工作区时的一些崩溃问题
- 重叠群视图：修复了对大型重叠群进行排序时偶尔崩溃的问题
- DESeq2：新版本的Bioconductor现在在Linux上得到认可和支持
- 导入：DNAStar Lasergene SeqBuilder（Pro） .sbd 格式的引物现已被识别
- Java：将捆绑的 JRE 版本更新为 11.0.18+10
- NCBI结构数据库和PDB导入：修复了如果Beta表处于索引>= 1000的位置，加载PDB文档崩溃的错误
补丁 2023.1.2 （2023年4月27日）
修复和小改动：
- 通用云数据库（测试版）：修复文件夹内容未正确下载的情况
- 常规：修复了更新 Geneious 后 MacOS 上偶尔崩溃的问题
- SSL：修复了 Geneious Prime 无法访问 Windows 上受信任证书的错误
版本 2023.0（2022年11月2日）
补丁版本： 2023.0.1 2023.0.2 2023.0.3 2023.0.4
特征：
- CRISPR：添加了更多PAM来查找CRISPR位点
- 克隆验证：添加了在批量质粒验证期间自动进行序列比对的新工具
- 引物设计：增加了用于引物特异性测试的新工具
- STAR：添加了STAR，这是一种RNA-seq图谱仪，可执行高精度的剪接序列比对
- 工作流程：添加了用于将多个序列批量导出为单个图像的新工作流程
次要功能和可用性改进：
- CRISPR：能够选择单个脱靶序列
- 命令行界面：现在支持使用数据库文件夹作为输入
- Geneious Academy：在“帮助”菜单中添加了新Geneious Academy的快捷方式
- 常规：在网络数据库上加载所选文档的进度报告不再阻止用户活动
- 预处理：BBDuk不再需要单独的插件即可使用
- 用户界面：下拉列表现在支持过滤，并更清楚地显示何时可以输入自定义值
修复和小改动：
- 附注：
- 修复了导出带有“配对入门”列的注释表时崩溃的问题
- 修复了在批注表中按删除有时不会删除所选批注的问题
- 领结 2：更新至 Bowtie2 2.4.5
- CRISPR：为分析CRISPR编辑结果添加了最大间隙大小选项
- 命令行界面：修复了在本地数据库中找不到文档的错误
- 深色模式：使序列查看器选定的数字颜色变亮
- 从头程序集：修复了当最大不匹配设置设置为 0 时有时会产生包含不匹配的结果的问题
- 从头程序集和映射到引用：现在会立即失败，而不是有时在内存不足后继续
- 常规：
- 使用垫片时重新格式化的串联文件名
- 如果提供的名称无效，创建或重命名文件夹将要求使用其他名称
- 添加了”文件”菜单另存为 PDF...选项
- 修复了批量重命名非常大的序列列表时崩溃的问题
- 改进了文档保存性能，尤其是在网络数据库上
- 修复了在启动期间收集系统信息时罕见的崩溃
- 组序列：修复了将蛋白质序列与配对核苷酸序列分组在一起时崩溃的问题
- MAFFT：将 MAFFT 更新到版本 7.490
- 肌肉：将肌肉算法更新到版本 5.1
- 内存：处理某些大型数据集时减少了内存使用量
- SPAs：将 SPA 更新到版本 3.15.5
- 样本文件：添加了SARS-CoV-2基因组
- 序列视图：添加了在放大蛋白质序列视图时关闭三个字母氨基酸的选项
- 共享数据库：将默认 mysql 连接器更新为 8.0.28
- 共享数据库：修复了由于文档损坏而无法继续为共享数据库中的文档编制索引的 bug
- 启动：添加进度条以显示启动 Geneious 的进度
其他注意事项：
- 16S生物多样性：删除了16S生物多样性工具
- 插件开发工具包：修复了 DocumentUtilities.getDocumentsByURN()与其 javadoc 不匹配的返回行为
- 公共 API：添加了用于向下拉列表中的项目添加图章的 API
- TopHat：移除了TopHat RNAseq映射器
2023.0.1 补丁（2022年11月30日）
修复和小改动：
- CRISPR：修复了Doench2016算法对最近安装它的用户不起作用的错误
- 克隆验证：现在支持选择不相邻的名称部分以进行自动分组和映射
- 文档表：修复了名称列有时无法垂直滚动以匹配其他列
- NCBI：修复了结构数据库搜索失败的问题
- STAR：
补丁 2023.0.2（2023 年1月10日）
修复和小改动：
- BLAST：修复了存在间隙时使用翻译 BLAST 放置不正确的注释
- 映射到引用：修复了一个错误，该错误会导致“映射到引用”在加载选项时有时会冻结
- 共享数据库：修复了某些用户无法保存文件的问题
补丁 2023.0.3（ 2023 年1月18日）
修复和小改动：
- BLAST：修复了 2023.0.2 中引入的崩溃问题，当图形查询需要插入间隙时
- 引物设计：
- 修复了检查具有太多相似区域的异地时崩溃的问题
- 防止选项具有负值以避免崩溃
补丁 2023.0.4（ 2023 年1月26日）
修复和小改动：
- 修复了将文档移动到新数据库时无法正确保存新元数据类型的 bug。
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