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ClustalW 与 GPMAWGPMAW 自 6.0 版本起已为 ClustalW 做好准备。然而，由于许可问题，无法将 ClustalW 包含在分发包中，但由于该程序可免费下载，因此其使用已包含在 GPMAW 中。GPMAW 中的 ClustalW 一直没有被大力推广，因为可下载的 ClustalW 版本与 Windows XP 不兼容。然而，这个问题已经得到纠正，安装说明如下。 下载 ClustalWClustalW 的本地可执行版本可从网上大量来源获得，但这是其中一个官方网站：ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalW/ 以下描述基于 Microsoft Internet Explorer，大多数其他浏览器的工作方式类似。将浏览器指向上述位置（双击链接），将显示 FTP 服务器上的文件列表。右键单击名为 clustalw1.83.DOS.zip 的文件，然后从菜单中选择"复制到文件夹..."。选择适当的目录，复制并解压文件。 安装步骤在目录 \gpmaw\bin\ 中（通常位于 c:\ 根目录或 c:\program files\ 中），创建一个名为 ClustalW 的新目录。将 clustalw1.83.DOS.zip 中解压的所有文件复制到此目录中。扩展名为 .h 和 .c 的文件是源代码文件，可以删除。 如果您使用的是 Windows XP，您需要下载文件 clustalw1.83.XP.zip 并将其解压。此文件将扩展为一个名为 clustalw.exe 的单个文件。将此文件复制到 \gpmaw\bin\clustalw\ 目录中，替换同名文件。 注意：在某些 Windows 2000 安装中，ClustalW 的 DOS 版本无法正常工作。在这种情况下，您应该按照上述说明安装 ClustalW 的 XP 版本。 使用 ClustalW现在您已经准备好从 GPMAW 使用 ClustalW 了。在 GPMAW 中工作时，您打开要在桌面上进行比对的序列，从菜单中选择 Search | ClustalW，您将看到一个对话框，可以在其中选择和编辑桌面上的序列名称。 当要求 GPMAW 比对序列时，程序将调用 ClustalW.exe（如果已正确放置在 \gpmaw\bin\clustalw\ 目录中），比对将在后台进行（GPMAW 在等待时将显示计数器）。比对完成后，ClustalW 将保存到磁盘上的文件，该文件将由 GPMAW 加载和排列。请记住在窗口中右键单击以查看选项。
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