UCSF ChimeraX

一个可扩展的分子建模系统

UCSF Chimera 是一个用于分子结构和相关数据（包括密度图、轨迹和序列比对）的交互式可视化和分析的程序。它可免费用于非商业用途。商业用户，请参阅 Chimera 商业许可。

我们鼓励 Chimera 用户尝试使用 ChimeraX 以获得更好的大型结构性能，以及其他主要优势和全新功能。 ChimeraX 包括 Chimera 功能的一个重要子集（更多功能，请参阅缺失的功能列表）并且正在积极开发中。用户可以选择同时使用这两个程序，两个都安装也可以。

Chimera 不再处于积极开发阶段，仅针对关键维护进行更新。 Chimera 的开发得到了美国国立卫生研究院 (P41-GM103311) 的资助，该资助于 2018 年结束。

功能亮点

Matchmaker叠加

Matchmaker 工具（或 matchmaker 命令）便于叠加相关结构，而无需担心编号或遗漏残基。它通过创建成对序列比对来叠加蛋白质或核酸，然后在 3D 中匹配序列比对的残基。二级结构有助于指导序列比对，从而在具有更难比对序列的更远亲的蛋白质上获得更好的性能。默认情况下，拟合被迭代以排除结构上不同的区域并更紧密地叠加最相似的部分。

可以显示结果序列比对，如本示例中的三种果胶酸裂解酶：PDB 1jta、1bn8 和 2pec（请参阅命令文件 peclyases.cxc）。在序列比对中，最终拟合迭代中使用的残基包含在浅橙色框中。 RMSD 值和其他拟合统计数据在日志中报告。

B因子着色

原子 B 因子值从 PDB 和 mmCIF 输入文件中读取，并指定为可以用颜色显示并用于原子规范的属性。此示例显示与抑制剂 (PDB 4hvp) 结合的 HIV-1 蛋白酶结构内的 B 因子变异。有关完整的图像设置，包括定位、颜色键和标签，请参阅命令文件 bfactor.cxc。

其他颜色键示例可以在教程中找到：通过静电势着色、通过序列守恒着色

UCSF ChimeraX 优势

相对于 Chimera，ChimeraX 提供了几个优势，并且这个列表将继续增长。下面给出了一个小样本。另请参阅：功能亮点、示例图片

大量原子的高性能操作和渲染
快速的 mmCIF 读取器和编写 mmCIF 的能力
快速且坚固的无溶剂表面
交互式环境光遮蔽照明
与cartoons相结合的弯曲圆柱“管”螺旋
只需单击一下即可更改显示样式、光线或按钮分配的工具栏图标
多合一窗口，其中工具界面是可以显示、隐藏和重新定位的面板
具有点击执行命令机制的内置 HTML 浏览器
用于轻松安装和更新的 ChimeraX 插件Toolshed网络存储库
用于将原子模型构建为低/中分辨率密度的 ISOLDE 插件 [ISOLDE 网站]
用于多聚体复合物比较建模的建模器界面
SteamVR 系统的虚拟现实模式，如 PBS Newshour: Flu Vaccine 和 UCSF School of Pharmacy News 中所示
用于处理 DICOM 医学成像数据的功能

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