SimLipid®

用于LC-MS、LC-MS/MS 系统数据的高通量脂质表征工具

SimLipid® 是一种高通量脂质鉴定和定量软件。它可以处理来自数百个 LC-MS 和 MS/MS 实验运行的原始数据，用于 LC 峰检测、峰拾取、分子特征发现和保留时间校准。原始数据或峰列表（包含已处理的 LC-MS 数据的数据集）可以进行 MS 和 MS/MS 数据库搜索以进行结构解析，即使在批处理模式下也是如此。专有的评分机制可区分每次 MS/MS 扫描的等压候选结构。

工作流程

• 基于直接输注（Shotgun）的高通量脂质组学数据分析
• 基于 LC-MS 的高通量脂质组学数据分析
• 基于 PIS/NLS 的 Shotgun 脂质组学数据分析
• 基于 Waters-SONAR 的高通量脂质组学数据分析
• 基于Waters-HDMS E的高通量脂质组学数据分析

关键特征

支持 MS 供应商的本机文件	多种脂质组学分析工作流程	高效的 LC-MS 峰处理
强大的脂质结构数据库	MS/MS 注释	脂质定量
便携式报告生成	DIA数据处理

SimLipid®特点

强大的脂质结构数据库

SimLipid 数据库是一个可扩展的关系数据库，包含 9 种脂质类别，即肉碱、脂肪酰基、甘油脂、甘油磷脂、聚酮化合物、异戊烯醇、糖脂、鞘脂和甾醇。该数据库存储了 40,312 种脂质和 1,508,293 种结构特定的计算机 MS/MS 特征离子。除此之外，该数据库还存储了 5227 个母离子扫描和中性丢失扫描三重四极杆质谱方法的离子对，分别对应于甘油磷脂、甘油脂和鞘脂的 1,179、393 和 221 个独特的脂肪酰基。

用户可以创建自定义数据库* 来存储精选脂质以及保留时间和漂移时间。创建自定义数据库后，可以使用保留时间和漂移时间容差作为初始搜索谓词来执行用于脂质结构鉴定的 MS 和 MS/MS 数据库搜索。此功能便于用户创建 LC-MS 或 LC-Ion Mobility-MS 模板；从而使他们能够利用最先进的 LC-MS 和 IMS 技术进行研究。

其他数据库链接包括京都基因和基因组百科全书 (KEGG)、人类代谢组数据库 (HMDB)、生物感兴趣的化学实体 (CEBI)、PubChem 物质数据库、LIPIDBANK 和 LIPIDAT。数据库不断更新。

图 1：SimLipid 数据库的示意图。
请注意：* 该功能在程序的企业版中可用。

项目管理和数据可视化

SimLipid 提供全面的项目管理，将脂质分析结果与输入配置文件和搜索参数相关联。您可以创建任意数量的项目。您还可以批量导入数百个原始数据文件。来自实验性 MS 运行的完整原始数据：总离子色谱图、已鉴定的脂质、MS 或 MS/MS 光谱，以及它们相应的数据库信息都显示在一个工作台中。

图 2：SimLipid 软件的典型图形用户界面：一个单一的工作台，使您能够可视化 LC-MS、ESI-MS、MALDI-MS 实验扫描的完整原始数据、执行数据库搜索后的结果以及已识别的相应信息脂质。
SimLipid 提供以下附加功能：

1. 对应于指定保留时间窗口和/或母离子 m/z 范围的平均 MS 和 MS/MS 扫描。
2. 根据支持的文件格式的前体离子 m/z、电荷状态、保留时间、强度和漂移时间对加载的数据集进行排序。
3. 识别脂质的扫描/光谱用颜色编码，旁边显示已识别脂质的名称/缩写/分子式。
4. 查看目标 m/z 的提取离子色谱图。

高通量 MS 脂质搜索

SimLipid 通过针对 SimLipid 数据库中可用的肉碱、脂肪酰基、甘油脂、甘油磷脂、聚酮化合物、异戊烯醇、糖脂、鞘脂和甾醇的已知脂质结构搜索脂质前体离子，从多个 MS 峰列表数据中实现高通量脂质分析。用户可以对误差容限小于或等于 50 ppm 或 2000 毫道尔顿 (mDa) 的高分辨率数据执行 MS 脂质搜索。SimLipid 支持正离子模式下的[M+H]、[M+NH4]、[M+Na]、[M+C5H12N]、[M+Li]离子和[MH]、[M+AcO]、[M +Cl]、[M-CH3]、[M+OAcO]和[M+HCOO]在负离子模式下。用户还可以从 MS 脂质谱触发产物离子数据分析。可以使用候选脂质种类的产物离子数据来验证对应于前体 m/z 的轮廓脂质。

用户可以从预定义的 m/z 值和相应离子种类列表中导入已包含在高通量搜索中的母离子 m/z 值的离子种类。这有助于在可变离子模式和不同的加合物中进行 MS/MS 搜索。有多个选项可用于根据保留时间、母离子 m/z 和强度选择要包含在批次运行中的 MS 和 MS/MS 配置文件。

使用 MS/MS 和 MS E数据进行高通量脂质结构解析

SimLipid 支持使用来自肉碱、脂肪酰基、甘油脂、甘油磷脂、异戊烯醇、糖脂、鞘脂和甾醇的 MS/MS 和 MSE 光谱的母离子和子离子 m/z 数据对脂质进行结构解析。已识别的脂质根据一种创新的排序算法进行评分，该算法表明理论脂质与实验数据的相对接近程度。可以分析具有 0.001-50 ppm 和 0.1 到 2,000 毫道尔顿 (mDa) 之间误差容限的高分辨率精确质量数据。

基于多路前体离子扫描 (PIS) 和中性丢失扫描 (NLS) 三重四极杆质谱方法的脂质分析和定量

来自多个 PIS/NLS 的数据可以使用原生文件格式或标准格式导入 SimLipid 软件。用户可以通过根据生物/技术复制对数据文件进行分类，在 SimLipid 中对实验设计进行建模。基于目标脂肪酰基/头基碎片离子或其中性损失的脂质鉴定以批处理模式进行。
SimLipid 能够量化对应于 MS 光谱上观察到的峰的脂质。量化是通过根据所选内标的观察强度对强度值进行归一化来完成的。该程序有助于将内源性/外源性脂质规范为内部标准。为了能够从低分辨率光谱中定量脂质，SimLipid 校正了同位素重叠的强度。这有助于准确量化生物混合物中的脂质。量化数据以及其他信息（例如峰 m/z、分子式、不同样品中的校正、未校正和归一化强度）可以导出为与电子表格兼容的 .csv 和 .xls 格式。

LC MS 和 LC-MS/MS 高通量数据处理

SimLipid 处理 LC-MS 和 MS/MS 数据以进行峰检测、平滑、色谱解卷积、峰去同位素和分子特征查找。该程序将检测到的峰值 m/z 值与相应的 MS/MS 光谱对齐，从而能够使用来自 MS 和 MS/MS 数据的母离子和产物离子数据无缝识别脂质结构。

图 3：使用 MPIS/NLS QqQ MS 方法数据的 SimLipid 软件脂质分析和定量工作流程示意图。

SimLipid 还有助于对从不同生物样品中鉴定的脂质进行比较和定量分析。使用 RANSAC 技术，根据保留时间、m/z 值、观察到的强度和电荷状态的一致性，对从不同峰列表中检测到的峰进行对齐。最多可以对齐 200 个峰值列表，结果可以导出为 HTML、CSV 和 MS Excel 格式。
SimLipid 软件提供 LC-MS 峰列表的单一工作台视图；在实验性 LC-MS 运行中确定的脂质列表；在特定保留时间鉴定的脂质结构；数据库中已识别脂质的相关信息；和总离子色谱图，在已识别脂质的保留时间处带有垂直条。

图 4：SimLipid 软件的典型图形用户界面：LC-MS 峰列表的单一工作台视图、在保留时间点识别的脂质列表、在选定保留时间点的脂质结构以及带有垂直线的样品色谱图表示显示的脂质结构的保留时间点。

鉴定脂质的质谱注释

SimLipid 使用脂质注释质谱，并为 MS、MS/MS 以及 MS E数据识别碎片离子。这有助于通过突出显示与产品数据库中的理论脂质结构相匹配的实验 m/z 值来解释质谱。
注释的质谱可以调整/重新调整大小以适合页面或基于感兴趣的区域。用户可以使用鼠标光标或通过指定 m/z 范围来放大/缩小到特定的绘图位置。此外，用户可以将带注释的光谱导出为可包含在 MS PowerPoint 中的图像（PNG 和 JPEG 格式），从而促进研究小组之间的信息共享。

图 5：SimLipid 软件的典型图形用户界面：已识别脂质 TG(56:3) 的注释 MS/MS 光谱。光谱中观察到的两个最强峰分别对应于结构的独特脂肪酸链的特征离子 18:1 和 20:1。

生成报告

分析质谱数据后，用户可以从 50,000 个 MS 和 MS/MS 配置文件中生成 HTML、csv 和 MS Excel 格式的目标导向报告。用户可以将 SimLipid 设置为在执行分析后自动启动报告。可以生成的报告用于：

• Profiled MS Spectra：可以为生物标志物研究生成不同生物样品中存在的异质脂质丰度的比较分析。
• MS 和 MS/MS 数据：报告显示与在 MS 搜索中通常遇到的母离子 m/z 值相对应的误报，以及在子离子数据分析期间识别的脂质的概率分数。这样的报告是通过结合 MS 脂质谱及其互补的 MS/MS 或 MS E脂质谱生成的。
• 多个数据集：一份报告，其中包含对从不同离子模式和加合物中获得的不同 MS 或 MS/MS 光谱分析的脂质进行比较分析。
• 保留时间：该报告使用户能够通过根据保留时间对齐 MS/MS 曲线来研究在可变离子模式下采集的 MS/MS 光谱中观察到的碎片离子。这提供了一个完整的工作流程解决方案，用于识别属于 GP、SP、GL 等类别的未知脂质的结构，其中在负光谱中观察到与脂肪酸链相对应的诊断离子，而在正光谱中观察到与头基相对应的诊断离子离子光谱。

图 6：使用导出到 MS excel 文件的 MS/MS 数据识别的脂质。

数据库搜索

您还可以通过脂质缩写/通用名称、质量、化学成分或脂质 ID 搜索感兴趣的脂质结构。

SimLipid®企业版

SimLipid® 企业版现已推出。如果您正在使用私人定制数据库或专有数据，企业版是您正在寻找的解决新型脂质的安全工具。您可以从数据库中添加或删除脂质结构，或创建自己的子数据库以缩小搜索范围，直接从您的工作站方便。多种脂质的结构信息可以存储在一个文件中并添加到数据库中，从而节省时间。
购买企业版时，您将获得： 在 Windows 上支持 SimLipid® 客户端。

• 客户端和数据库的智能更新程序。
• Windows 服务器上支持的 SimLipid® 数据库和数据库搜索引擎。
• 用户管理器和备份系统。
• 为 3 个用户设置。
• 无限的技术支持。

CALL or EMAIL 有关SimLipid®正式版的信息，请联系我们的销售代表： 400-621-1085 021-50391085 或点击下面的链接直接在线提交购买咨询信息 留言询价