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UCSF ChimeraX

一个可扩展的分子建模系统

UCSF Chimera 是一个用于分子结构和相关数据(包括密度图、轨迹和序列比对)的交互式可视化和分析的程序。 它可免费用于非商业用途。 商业用户,请参阅 Chimera 商业许可。

我们鼓励 Chimera 用户尝试使用 ChimeraX 以获得更好的大型结构性能,以及其他主要优势和全新功能。 ChimeraX 包括 Chimera 功能的一个重要子集(更多功能,请参阅缺失的功能列表)并且正在积极开发中。 用户可以选择同时使用这两个程序,两个都安装也可以。

Chimera 不再处于积极开发阶段,仅针对关键维护进行更新。 Chimera 的开发得到了美国国立卫生研究院 (P41-GM103311) 的资助,该资助于 2018 年结束。

功能亮点

Matchmaker叠加

Matchmaker 工具(或 matchmaker 命令)便于叠加相关结构,而无需担心编号或遗漏残基。 它通过创建成对序列比对来叠加蛋白质或核酸,然后在 3D 中匹配序列比对的残基。 二级结构有助于指导序列比对,从而在具有更难比对序列的更远亲的蛋白质上获得更好的性能。 默认情况下,拟合被迭代以排除结构上不同的区域并更紧密地叠加最相似的部分。

可以显示结果序列比对,如本示例中的三种果胶酸裂解酶:PDB 1jta、1bn8 和 2pec(请参阅命令文件 peclyases.cxc)。 在序列比对中,最终拟合迭代中使用的残基包含在浅橙色框中。 RMSD 值和其他拟合统计数据在日志中报告。

B因子着色

原子 B 因子值从 PDB 和 mmCIF 输入文件中读取,并指定为可以用颜色显示并用于原子规范的属性。 此示例显示与抑制剂 (PDB 4hvp) 结合的 HIV-1 蛋白酶结构内的 B 因子变异。 有关完整的图像设置,包括定位、颜色键和标签,请参阅命令文件 bfactor.cxc。

其他颜色键示例可以在教程中找到:通过静电势着色、通过序列守恒着色

UCSF ChimeraX 优势 

相对于 Chimera,ChimeraX 提供了几个优势,并且这个列表将继续增长。 下面给出了一个小样本。 另请参阅:功能亮点、示例图片

  • 大量原子的高性能操作和渲染
  • 快速的 mmCIF 读取器和编写 mmCIF 的能力
  • 快速且坚固的无溶剂表面
  • 交互式环境光遮蔽照明
  • 与cartoons相结合的弯曲圆柱“管”螺旋
  • 只需单击一下即可更改显示样式、光线或按钮分配的工具栏图标
  • 多合一窗口,其中工具界面是可以显示、隐藏和重新定位的面板
  • 具有点击执行命令机制的内置 HTML 浏览器
  • 用于轻松安装和更新的 ChimeraX 插件Toolshed网络存储库
  • 用于将原子模型构建为低/中分辨率密度的 ISOLDE 插件 [ISOLDE 网站]
  • 用于多聚体复合物比较建模的建模器界面
  • SteamVR 系统的虚拟现实模式,如 PBS Newshour: Flu Vaccine 和 UCSF School of Pharmacy News 中所示
  • 用于处理 DICOM 医学成像数据的功能

 

 

 

 

 

 

 

 

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