SimGlycan®

使用质谱数据的高通量聚糖和糖肽鉴定工具

SimGlycan 根据 MS/MS 和多级质谱 (MSⁿ) 数据预测聚糖的结构。此外，使用 LC-MS/MS 糖肽数据分析糖肽的全面支持有助于糖基化研究。SimGlycan 接受实验性 MS/MS 数据，将它们与自己的数据库进行匹配，最后生成排序的候选结构列表。每个候选者的等级表示候选结构和实验聚糖之间的接近度。排名是基于稳健的评分机制计算的，该机制考虑了在实验 MS/MS 光谱中观察到的结构特异性诊断离子以及观察到的峰的强度。

SimGlycan 还支持异构体分化的多级质谱 (MSⁿ) 数据分析。

工作流程

• 天然聚糖的高通量分析
• 还原端修饰释放聚糖的高通量分析
• 全甲基化聚糖的高通量分析
• 用于分析糖组学 (DRAG) 分析的双重反应
• 使用 AminoxyTMT6 报告离子进行聚糖定量
• 高通量糖肽分析

关键特征

支持 MS 供应商的本机文件	多糖分析工作流程	高效的 LC-MS 峰处理
强大的聚糖数据库	MS/MS 注释	MSn 数据分析
绘制聚糖/比较

SimGlycan®特点

强大的聚糖和糖肽数据库

SimGlycan 数据库是一个大型关系数据库，包含 9,964 种聚糖、22,814 种糖蛋白*、6,826 种已知生物来源的聚糖和 5,874 种已知类别的聚糖。随着更多聚糖信息的发布，该数据库会不断更新。
*糖蛋白由 UniProt Consortium 策划。
UniProt：蛋白质信息中心
Nucleic Acids Res。43：D204-D212（2015）

支持 MALDI MS/MS 和 LC-MS/MS 工作流程

全面支持 H、Li、Na、Mg ²⁺、K、HCOO ^-和 NH4 ⁺等不同的加合物以及 Na + H、Li + H 等加合物组合，以及基于不同的可扩展 MS/MS 碎片模式仪器设置，SimGlycan 可以分析糖肽和释放聚糖的 MALDI 和 LC-MS/MS 数据，这些聚糖是未衍生化、全甲基化和还原端修饰的，而不会影响分析结果。

数据输入文件格式

SimGlycan 允许直接自动加载由 SCIEX 质谱仪生成的输入数据文件（TripleTOF^TM 5600 系统、TOF/TOF 5800、4800 Plus MALDI TOF/TOF^TM分析仪、4000 QTRAP ®和 QSTAR ®使用 mzData 和 mzXML 格式支持其他质谱仪。此外，SimGlycan 还接受手动输入、TXT 和 XLS 文件格式。无论您的乐器是什么，都可以使用第三方工具将输出转换为这些格式。

TMT 定量*

SimGlycan 现在支持使用氨基氧基串联质量标签 (TMT) 的基于质谱的定量糖组学工作流程。aminoxyTMT6 试剂能够有效地对聚糖进行相对定量，提高标记聚糖的电离效率，从而提高分析通量。通过测量来自相应 MS/MS 光谱的报告离子峰强度来量化聚糖。用户可以指定小至 0.0001 的容差。提取峰强度后，调整氨氧基TMT 报告离子信号以说明每种TMT 变体中的同位素杂质。用户可以选择所有聚糖谱匹配中的总和/平均/中值报告离子强度作为聚糖的数量。各种图表，如条形图、点图等。

多级质谱 (MSⁿ) 数据分析

SimGlycan 包括对执行多级/序列质谱 (MSⁿ) 数据分析的全面支持。MS n是一种对来自 MS/MS（或前级 MS）的产物离子进行重碎裂的技术，是解决异质性、分支模式和同压寡糖结构的最有效技术之一。它允许区分具有相似特征片段模式的聚糖，这些片段模式在 MS/MS 光谱中无法区分。随着 MS (n) 水平的增加，生成的片段变得具有结构特异性，这有助于解析同量异位寡糖或对选定结构进行详细表征。

糖肽定性分析

许多质谱仪允许在化合物从在线分离系统中洗脱时捕获 MS/MS 数据。这种 LC-MS/MS 方法会生成非常大的数据集，需要复杂的信息学工具在完整的色谱分离过程中分配糖肽结构。这将提高分析效率并提供更深入的质谱糖蛋白组数据分析。SimGlycan 现在全面支持识别复杂混合物的糖肽，这些混合物由 LC 分离并由 MS/MS 在批处理模式下检测。SimGlycan 将使用第三方工具识别的蛋白质 ID、蛋白质序列或肽序列作为初始输入。SimGlycan 识别可能的聚糖-肽组合，并根据 MS/MS 数据中观察到的峰对它们进行排序，这些峰对应于理论糖肽中的诊断离子。可以分析具有 1 到 20 ppm 和 0.1 到 2000 毫道尔顿 (mDa) 之间误差容限的高分辨率精确质量数据。

项目管理

SimGlycan 提供全面的项目管理，将结果与输入配置文件和搜索参数相关联。您可以打开任意数量的项目。用户可以在一个项目中导入 20,000 个光谱。项目可以根据来源、实验室或研究目标进行分类。这很重要，尤其是在进行大规模聚糖分析项目时。您可以通过单击按钮访问聚糖相关信息。与基于 Web 的应用程序不同，SimGlycan 将其保存在您自己的计算机上。

可用信息包括：

聚糖结构：显示聚糖的分子结构（碳水化合物序列）。

Glycan Fragments：使用 Domon Costello 碎片规则显示命名法、结构、m/z 值和质量。为每个片段分配一个序列号。
i) 糖苷片段：显示单个糖苷和糖苷/糖苷片段。
ii) 交叉环片段：显示单个交叉环和糖苷/交叉环片段。

糖肽结构：显示肽序列和蛋白质糖基化位点以及聚糖结构。

注释质谱并生成报告： SimGlycan 可以使用卡通或 Domon-Costello 命名法对质谱进行注释。还描绘了片段的电荷状态。

导出带注释的峰列表表：用户可以将所有搜索结果的带注释的峰列表从 20,000 个 MS/MS 光谱导出到单个项目报告。用户可以在带注释的峰列表中仅包含匹配的片段或同时包含匹配和不匹配的片段。  

绘制聚糖

SimGlycan 使用户能够绘制和编辑聚糖和糖肽结构。只需单击按钮，即可添加或删除单糖、肽链或 HSO 3、Etn 等取代基，并可修改分支点和异头连接。在每一步，绘制结构的碎片化使用户能够比较实验数据和理论数据，使用户能够查看他的修改是否使理论聚糖更接近实验数据。此功能极大地有助于解析糖链结构，尤其是当目标糖链的数据尚不可用时。

质谱解释

软件通过突出显示与理论碎片相匹配的实验 m/z 值来帮助解释质谱，并生成描述连续单糖单元损失的注释光谱。这有助于研究人员建立分支模式并验证聚糖的基本单元。每个峰都可以使用卡通或 Domon Costello 命名法来表示。如果碎片是多电荷的，也会显示碎片的电荷状态。
SimGlycan 能够生成带注释的质谱，以适合页面或基于感兴趣的区域。它还会将其导出以与您的同事分享发现。
简单的界面使您可以放大特定的绘图位置，指定 m/z 范围以显示特定的绘图部分，还可以将绘图作为图像文件导出到 MS PowerPoint，以发布结果并与同事共享信息。

卡通是使用标准的单糖功能糖组学 (CFG) 命名法构建的（在 CFG 注释不可用的情况下使用自定义符号）。您可以同时绘制所有类型的糖苷片段，同时以符号表示格式注释光谱。

*此功能在SimGlycan 企业版中可用。

SimGlycan®企业版

SimGlycan® 企业版现已推出。如果您使用的是私人定制数据库或专有数据，企业版是您正在寻找的解决新型聚糖的安全工具。您可以从数据库中添加或删除聚糖结构，或创建您自己的子数据库以缩小搜索范围，直接从您的工作站方便。多个聚糖的结构信息可以存储在一个文件中并添加到数据库中，从而节省时间。

CALL or EMAIL 有关SimGlycan®正式版的信息，请联系我们的销售代表： 400-621-1085 021-50391085 或点击下面的链接直接在线提交购买咨询信息 留言询价